Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Podstawy biologii molekularnej WBT-BCH362
Ćwiczenia (CW) Semestr letni 2020/2021

Informacje o zajęciach (wspólne dla wszystkich grup)

Liczba godzin: 45
Limit miejsc: (brak limitu)
Zaliczenie: Zaliczenie lub ocena
Literatura:

1. Podstawowe techniki biologii molekularnej i biotechnologii, M. Bugno, H. Rokita, red., Seria Wydawnicza UJ, 1999.

2. Molecular cloning. A laboratory manual. J. Sambrook, E.F. Fritsch, T. Maniatis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed., 1989.

3. Analiza DNA. Teoria i praktyka. Pod red. Ryszarda Słomskiego, Wyd. Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, 2011.

Zakres tematów:

Ćw. 1. Ćwiczenia organizacyjne - ogólne zasady udziału w ćwiczeniach, zasady BHP, omówienie pierwszego ćwiczenia (czas ćwiczeń: 1 godzina):

w s. C107

gr. 1 26.02.2020 r. (środa) o godz. 8.15

gr. 2 28.02.2020 r. (piątek) o godz. 13.00

BLOK I: ćwiczenia 2-5.

Zagadnienia: Metody izolacji i analizy RNA. Łańcuchowa reakcja polimerazy i jej zastosowania, reakcja odwrotnej transkrypcji, metody badania aktywności transkryptomu. Hybrydyzacja kwasów nukleinowych i hybrydyzacja in situ. PCR- reakcja łańcuchowa polimerazy. Macierze DNA.

Ćw. 2. Izolacja RNA (czas ćwiczeń: 4 godziny).

Część praktyczna: liza preparatów komórek ludzkich linii nowotworowych i izolacja RNA.

Ćw. 3. Elektroforeza RNA (czas ćwiczeń: 5 godzin).

Część praktyczna: pomiar stężenia i ocena czystości RNA wyizolowanego na ćw. 2, przygotowanie próbek RNA i ich elektroforeza w warunkach denaturujących, analiza RNA rozdzielonego w żelu, omówienie wyników uzyskanych na ćwiczeniach 2 i 3).

Kolokwium z ćw.1-2.

Ćw. 4. Odwrotna transkrypcja (czas ćwiczeń: 4 godziny).

Część praktyczna: przygotowanie cDNA z użyciem odwrotnej transkryptazy z wybranych próbek wybranych RNA z ćw. 2 i 3.

Ćw. 5. PCR pół-ilościowy (czas ćwiczeń: 5 godzin).

Część praktyczna: reakcja PCR na próbkach cDNA z ćw. 4 dla 2 par starterów, rozdział elektroforetyczny produktów PCR, analiza i interpretacja wyników.

Opracowanie uzyskanych wyników w formie sprawozdania, obejmującego ćw. 2-5.

Kolokwium z ćw. 2-5.

BLOK II: ćwiczenia 6-8.

Zagadnienia realizowane: Wektory do klonowania. Plazmidy. Budowa wektorów pro-

i eukariotycznych. Metody izolacji plazmidowego DNA. Enzymy służące do manipulacji DNA (w tym, zastosowanie enzymów restrykcyjnych). Elektroforeza kwasów nukleinowych. Klonowanie DNA (etapy). Metody analizy klonów po transformacji.

Ćw. 6. Izolacja plazmidów (czas ćwiczeń: 4 godziny).

Część praktyczna: izolacja plazmidowego DNA z hodowli bakterii E. coli .

Ćw. 7. Elektroforeza DNA, enzymy modyfikujące DNA, w tym enzymy restrykcyjne restrykcyjne (czas ćwiczeń: 5 godzin).

Część praktyczna: oznaczenie stężenia oraz czystości wyizolowanego na poprzednich ćwiczeniach plazmidowego DNA, cięcie restrykcyjne plazmidowego DNA oraz przykładowego DNA genomowego, rozdział elektroforetyczny produktów cięcia restrykcyjnego przygotowanego na ćwiczeniach przez studentów, a także genomowego DNA przygotowanego przez prowadzącego ćwiczenia, tworzenie map restrykcyjnych, analiza migracji w żelu preparatów DNA różniących się wielkością i kształtem, analiza i interpretacja uzyskanych wyników.

Ćw. 8. Wykorzystanie techniki PCR do analizy ligacji wstawki i wektora plazmidowego (czas ćwiczeń: 5 godzin).

Część praktyczna: liza komórek bakteryjnych transformowanym wektorem pustym

i zawierającym wstawkę, reakcja PCR, rozdział elektroforetyczny produktów PCR, analiza

i interpretacja uzyskanych wyników.

Opracowanie uzyskanych wyników w formie sprawozdania, obejmującego ćw. 6-8.

Kolokwium z ćw. 6-8.

BLOK III: ćwiczenia 9-11.

Zagadnienia realizowane: Wprowadzanie plazmidowego DNA do komórek bakteryjnych. Wykorzystanie szczepów E.coli do rekombinacji DNA. Stan kompetencji. Przygotowanie komórek kompetentnych. Metody transformacji komórek E. coli. Zjawisko a-komplementacji. Wektory bakteriofagowe i ich zastosowanie, cykl życiowy bakteriofagów na przykładzie bakteriofaga nitkowatego fd.

Ćw. 9. Przygotowywanie bakterii kompetentnych (czas ćwiczeń: 3 godziny).

Część praktyczna: przygotowanie komórek kompetentnych szczepów laboratoryjnych E. coli.

Ćw. 10. Transformacja bakterii kompetentnych (czas ćwiczeń: 4 godziny).

Część praktyczna: transformacja bakterii plazmidowym DNA z ćw. 6-7, przygotowanie przez studentów płytek z podłożem stałym do hodowli (z ampicyliną, X-Gal, IPTG), posiew bakterii na płytki.

Ćw. 11. Biblioteki fagowe (czas ćwiczeń: 4 godziny).

Część praktyczna: przygotowanie przez studentów płytek z podłożem stałym, hodowla bakterii do infekcji fagiem, infekcja bakterii fagiem nitkowatym fd, mianowanie fagów; analiza i interpretacja wyników uzyskanych na ćwiczeniach 10-11.

Opracowanie uzyskanych wyników w formie sprawozdania, obejmującego ćw. 9-11.

Kolokwium z ćw.9-11.

Ćw. 12. Ćwiczenia zaliczeniowe (czas ćwiczeń: 1 godzina).

Grupy zajęciowe

zobacz na planie zajęć

Grupa Termin(y) Prowadzący Miejsca Akcje
1 każda środa, 8:15 - 12:15, sala C107
Jerzy Kotlinowski, Małgorzata Durbas, Maja Kudrycka, Mateusz Wilamowski, Agata Lichawska-Cieślar 10/10 szczegóły
2 każda środa, 14:00 - 18:00, sala C107
Jerzy Kotlinowski, Małgorzata Durbas, Maja Kudrycka, Mateusz Wilamowski, Agata Lichawska-Cieślar 10/10 szczegóły
3 każdy piątek, 13:00 - 17:00, sala C107
Jerzy Kotlinowski, Małgorzata Durbas, Maja Kudrycka, Mateusz Wilamowski, Agata Lichawska-Cieślar 10/10 szczegóły
4 każdy czwartek, 16:00 - 20:00, sala C139
Jerzy Kotlinowski, Małgorzata Durbas, Mateusz Wilamowski, Agata Lichawska-Cieślar, Maja Kudrycka 11/10 szczegóły
Wszystkie zajęcia odbywają się w budynku:
III Kampus, Gronostajowa 7
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.