Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Biologia molekularna – kurs zaawansowany WBT-BT2-003
Konwersatorium (KON) Semestr letni 2020/2021

Informacje o zajęciach (wspólne dla wszystkich grup)

Liczba godzin: 35
Limit miejsc: (brak limitu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Metody i kryteria oceniania:

Ocena każdych zajęć składa się w 30% (3 punkty) z oceny sprawdzianu wstępnego, na którym będą przeważały pytania dotyczące materiału powtórkowego, i w 40% (4 punkty) z oceny aktywnego udziału w zajęciach i 30% (3 punkty) z oceny z pisemnego sprawdzianu na koniec każdego konwersatorium.

Zakres tematów:

1. Fotobiologia i fotouszkodzenia DNA (dr hab. Agnieszka Wolnicka-Głubisz)

Zakres materiału podstawowego, który będzie obowiązywał do zaliczenia testu: Formy energii wewnętrznej układu; energie wiązań chemicznych i oddziaływań wewnątrzcząsteczkowych; Losy energii wzbudzenia elektronowego; podstawowe pojęcia i prawa fotochemii; mechanizm reakcji fotochemicznych, reakcji fotouczulanych i chemiluminescencji

Zagadnienia omawiane na seminarium: Mechanizm dyssypacji energii wzbudzenia w kompleksach zasad azotowych; typy i mechanizm działania reduktaz rybonukleotydowych

2. “Przestrzenna organizacja procesów jądrowych (prof. dr hab. Jerzy Dobrucki)

Zakres materiału podstawowego, który będzie obowiązywał do zaliczenia testu: poziomy organizacji przestrzennej chromatyny – od nuklesomu po terytoria chromosomowe; znaczenie funkcjonalne wysokorzędowych struktur chromatyny – rola w ekspresji genów; struktury (ciałka) subjądrowe – budowa, dynamika i rola („spliceosomes”, ciałka PML, ciałka Cajala, i in.); zmiany struktury chromatyny związane z procesami naprawy DNA – ogniska naprawy (‘repair foci’); struktura chromatyny a informacja epigenetyczna.

Zagadnienia omawiane na seminarium: rola wysokorzędowych struktur organizacyjnych chromatyny w regulacji kluczowych procesów jądrowych.

3. Genom jądrowy i mitochondrialny komórki człowieka (dr Agata Lichawska-Cieślar)

Zakres materiału podstawowego, który będzie obowiązywał do zaliczenia testu: Genom człowieka – jądrowy i mitochondrialny, budowa chromosomu; białka oddziałujące z DNA; pojęcie polimorfizmu i mutacji w DNA

Zagadnienia omawiane na seminarium: – jakie części genomu „czynią nas człowiekiem”; Modyfikacje epigenetyczne, ich dziedziczenie oraz wpływ na następne pokolenia – modyfikacja DNA, modyfikacje histonów; regulatorowy RNA

4. DNA w predykcji cech fenotypowych (dr Agnieszka Cierniak)

Zakres materiału podstawowego, który będzie obowiązywał do zaliczenia testu: Powtórzenia sekwencji tandemowych i rozproszonych w genomie człowieka

Zagadnienia omawiane na seminarium: metody pozwalające na identyfikację markerów DNA oraz możliwości ich wykorzystania do oceny ryzyka rozwoju choroby oraz predykcji cech fenotypowych; zagadnienia odziedziczalności cech i penetracji genetycznej; determinacja cech o dziedziczeniu wielogenowym; budowanie modeli predykcyjnych i oceny dokładności ich działania.

5. Terapia genowa, perspektywy i zagrożenia (dr Katarzyna Miękus)

Zakres materialu podstawowego do zaliczenia testu: podstawowe pojęcia, założenia i problemy z dziedziny terapii genowej; metody wprowadzania kwasów nukleinowych do komórki (ex vivo, in vivo, bezpośrednie i pośrednie wprowadzanie genów)

Zagadnienia omawiane na seminarium: praktyczne zastosowanie terapii genowej, metody blokowania biosyntezy wadliwych produktów białkowych a także praktyczne możliwości zastosowania terapii genowej w leczeniu chorób genetycznych człowieka, prowadzone próby kliniczne i badania na zwierzętach; terapeutyczne wykorzystanie genów i zagrożenia związane ze stosowaniem terapii genowej.

6. Wektory ekspresyjne; białka rekombinowane (dr Ewelina Fic)

Zakres materialu podstawowego do zaliczenia testu: Elementy składowe wektorów ekspresyjnych: replikony, promotory, markery selekcyjne, sekwencja Shine-Dalgarno, polilinkery, znaczniki (“tagi”). System ekspresyjny – co to jest? Prokariotyczne i eukariotyczne systemy ekspresyjne.

Zagadnienia omawiane na seminarium: Strategie klonowania. Nadprodukcja białek rekombinowanych i ich oczyszczanie z wykorzystaniem znaczników.

7. Wirusy jako narzędzie do badań (dr hab. Krzysztof Pyrć)

Zakres materialu podstawowego do zaliczenia testu: Definicja wirusów, wiroidów oraz prionów; Budowa wirusa, rozmiary, genom; Systematyka wirusów; Bakteriofagi i ich wykorzystanie; Rodzaje wirusów zwierzęcych (RNA wirusy, DNA wirusy, retrowirusy, hepaDNA wirusy); Systemy hodowli wirusów; Podstawowe metody detekcji wirusów

Zagadnienia omawiane na seminarium: Mechanizmy replikacyjne wirusów; Interakcja wirus – komórka gospodarza na poziomie molekularnym; Wirusy jako wektory – rodzaje, zastosowania, zagrożenia.

8. Genom bakteryjny; mechanizmy regulacji ekspresji genów u Prokariota (dr Benedykt Władyka)

Zakres materiału podstawowego, który będzie obowiązywał do zaliczenia testu: Genom bakteryjny: organizacja genomu bakteryjnego, pozachromosomowe elementy genomu (plazmidy, budowa, replikacja, rola), ruchome elementy genetyczne (transpozony, profagi, wyspy genomowe), wielkość genomów bakteryjnych, elementy kodujące i niekodujące; Mechanizmy regulacji ekspresji genów u Procaryota: budowa i organizacja genów (operony), kontrola pozytywna i negatywna w regulacji ekspresji genów, aktywatory i represory, cząsteczki sygnałowe,

Zagadnienia omawiane na seminarium: Sekwencjonowanie nowej generacji, elementy obróbki bioinformatycznej danych z sekwencjonowania, systemy restrykcji i modyfikacji DNA, przykłady wpływu zmienności genomu na wirulencję bakterii.; Systemy quorum-sensing, systemy toksyna-antytoksyna jako regulatory ekspresji genów (mechanizmy molekularne); Zadanie problemowe: w jaki sposób wyznaczyć specyficzność trawienia endonukleaz?

9. Kompartmentalizacja komórki eukariotycznej (prof. dr hab. Jarosław Czyż)

Zakres materiału podstawowego, który będzie obowiązywał do zaliczenia testu:

Kompartmentalizacja komórki zwierzęcej - jądro (centrum informacyjne komórki), cytoplazma (układ wykonawczy). Organelle błonowe – ich struktura i funkcje. Błona komórkowa i korteks podbłonowy. Mediatory komunikacji międzykomórkowej (odziaływania krynne, baryczne i komunikacja bezpośrednia). Ogólne zasady rządzące sygnalizacją (kaskady sygnalizacyjne, przełączniki molekularne) i transportem wewnątrzkomórkowym.

Zagadnienia omawiane na seminarium:

Rola korteksu podbłonowego i cytoszkieletu w w regulacji przekazu sygnału od receptora błonowego do jądra komórkowego (lub do cytoplazmatycznych białek docelowych) w odbierających sygnał komórkach docelowych. Znaczenie endocytozy i transportu wewnątrzkomórkowego w regulacji sygnalizacji wewnątrzkomórkowej i komunikacji międzykomórkowej.

10. Metody modyfikacji genomu (dr hab. Aneta Kasza)

Zakres materiału podstawowego, który będzie obowiązywał do zaliczenia testu: przebieg replikacji DNA u prokariota i eukariota (inicjacja replikacji; polimerazy DNA i ich rola), replikacja końców chromosomów eukariotycznych (telomeraza; telomery); transkrypcja u prokariota i eukariota (inicjacja transkrypcji; polimerazy RNA i ich charakterystyka); translacja u prokariota i eukariota (tRNA; rybosomy; inicjacja, elongacja i terminacja translacji)

Zagadnienia omawiane na seminarium: najnowsze zagadnienia dotyczące metod wyciszania ekspresji genów, transkrypcji (wpływ transkrypcji obszarów położonych międzygenowo na ekspresje genów), syntezy białek syntetycznych

11. Regulacja ekspresji genów w komórkach roślinnych (prof. dr hab. Halina Gabryś)

Zakres materiału podstawowego, który będzie obowiązywał do zaliczenia testu: Biologia komórki roślinnej, w szczególności: struktura i funkcja komórki roślinnej, chloroplasty i inne plastydy, aparat Golgiego w roślinach, peroksysomy i glioksysomy, wakuole roślinne, ściana komórkowa i plazmodesmy, cytoszkielet roślinny; egzocytoza, endocytoza i przepływ błon; Szczególne cechy genomu roślinnego: genom chloroplastowy i mitochondrialny.

Zagadnienia omawiane na seminarium: Regulacja ekspresji genów w roślinach, w szczególności: ścieżki sygnałowe, wsteczna sygnalizacja z chloroplastów do jądra (retrograde signaling), epigenetyka: rola metylacji DNA, modyfikacji

12. Komórki macierzyste – biologia i zastosowania (dr hab. Ewa Zuba Surma)

Zakres materialu podstawowego do zaliczenia testu: Podstawy biologii komórki macierzystej (KM), w tym cechy ultrastruktury oraz funkcji odróżniające KM od komórek somatycznych zróżnicowanych; Rodzaje komórek macierzystych i progenitorowych oraz typy tkanek, z których są pozyskiwane; Podstawowe informacje o niszach komórek macierzystych; Przykłady praktycznych zastosowań KM w biotechnologii i medycynie, w tym w medycynie regeneracyjnej, biotechnologii leków i modelowaniu rozwoju chorób

Zagadnienia omawiane na seminarium: Komórki macierzyste, w tym KM pluripotencjalne i modyfikowane genetycznie oraz ich pochodne - jako potencjalne narzędzia w regeneracji tkanek; Przykłady praktycznych wdrożonych zastosowań KM w medycynie regeneracyjnej

Grupy zajęciowe

zobacz na planie zajęć

Grupa Termin(y) Prowadzący Miejsca Akcje
1 każdy poniedziałek, 11:30 - 13:30, sala zajęcia zdalne-WBBiB
Jerzy Dobrucki, Jarosław Czyż, Wojciech Strzałka, Joanna Kozieł, Aneta Kasza, Ewelina Fic, Katarzyna Miękus, Ewa Zuba-Surma, Dariusz Żurawek, Agata Lichawska-Cieślar 12/12 szczegóły
2 każdy wtorek, 10:00 - 12:00, sala zajęcia zdalne-WBBiB
Jerzy Dobrucki, Jarosław Czyż, Wojciech Strzałka, Joanna Kozieł, Aneta Kasza, Ewelina Fic, Katarzyna Miękus, Benedykt Władyka, Ewa Zuba-Surma, Dariusz Żurawek, Agata Lichawska-Cieślar 8/12 szczegóły
3 każdy wtorek, 14:00 - 16:00, sala zajęcia zdalne-WBBiB
Jerzy Dobrucki, Jarosław Czyż, Wojciech Strzałka, Joanna Kozieł, Aneta Kasza, Ewelina Fic, Katarzyna Miękus, Benedykt Władyka, Ewa Zuba-Surma, Dariusz Żurawek, Agata Lichawska-Cieślar 12/12 szczegóły
4 każdy czwartek, 12:00 - 14:00, sala zajęcia zdalne-WBBiB
Jerzy Dobrucki, Jarosław Czyż, Wojciech Strzałka, Joanna Kozieł, Aneta Kasza, Ewelina Fic, Katarzyna Miękus, Benedykt Władyka, Ewa Zuba-Surma, Dariusz Żurawek, Agata Lichawska-Cieślar 9/12 szczegóły
5 każdy czwartek, 14:15 - 16:15, sala zajęcia zdalne-WBBiB
Jerzy Dobrucki, Jarosław Czyż, Wojciech Strzałka, Joanna Kozieł, Aneta Kasza, Ewelina Fic, Katarzyna Miękus, Benedykt Władyka, Ewa Zuba-Surma, Dariusz Żurawek, Agata Lichawska-Cieślar 12/12 szczegóły
6 każda środa, 14:00 - 16:00, sala zajęcia zdalne-WBBiB
Katarzyna Miękus, Ewelina Fic, Aneta Kasza, Benedykt Władyka, Joanna Kozieł, Wojciech Strzałka, Jerzy Dobrucki, Jarosław Czyż, Ewa Zuba-Surma, Agata Lichawska-Cieślar, Dariusz Żurawek 12/12 szczegóły
Wszystkie zajęcia odbywają się w budynku:
III Kampus, Gronostajowa 7
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.