Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Genotype - phenotype associations for biologists

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WB.SD.VP-5 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Genotype - phenotype associations for biologists
Jednostka: Instytut Nauk o Środowisku
Grupy:
Punkty ECTS i inne: (brak)
Język prowadzenia: angielski

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/2021" (w trakcie)

Okres: 2021-02-25 - 2021-06-15
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład z elementami konwersatorium, 16 godzin, 16 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Dominika Włoch-Salamon
Prowadzący grup: Matteo De Chiara
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie
Efekty kształcenia:

The students will understand the complexity of the relationship between genotype and phenotype. Genetic sources of phenotypic variation will be discussed, together with a theoretical overview of the methods to link genetic variant and phenotypes and potential confounding factors. Fundaments of Next-generation sequencing (NGS) analyses will be given as preparatory for the practical lessons. These will be dedicated to the full run of GWAS (genome-wide association study).

Skills:

The students will be able to chose the adequate method to link genotype to phenotype, depending on the available dataset. They will be able to run a basic set of NGS analyses and the necessary data preparation to run GWAS, as well as the downstream result interpretations.

Social competence and attitude:

The students will learn how to interpret and correctly communicate the GWAS results. Importance will be given to avid overestimate results implications.

Wymagania wstępne:

Practical ability in a Unix-based system, use of the bash terminal. Basic understanding of statistical concept and tests and basic of R language would be useful.

Forma i warunki zaliczenia:

Conditions of passing the course: completing 80% (4/5) homeworks

Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów:

evaluation of short homework exercises

Bilans punktów ECTS:

1 ECTS point

16 contact hours plus 5 hours self-study

Literatura:

Bibliography

Xinkun Wang (2016) "Next-Generation Sequencing Data Analysis", CRC Press.

Karl W. Broman & Saunak Sen (2009) “A Guide to QTL Mapping with R/qtl”, Springer.

Hoon Sul et al. “Population structure in genetic studies: Confounding factors and mixed models” PLOS Genetics 2018

Ott et al. “”Genetic linkage analysis in the age of whole-genome sequencing” 2015

Goodwin et al. “Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies” Nature Reviews Genetics volume 2016

Uwagi:

Online Course.

Timetable


Wednesday 7th April 2021 START-END 3 x 45min 10:00 - 12:30

Thursday 8th April 2021 START-END 3 x 45 min 10:00 - 12:30

Seminar 13:00 - 14:00

Friday 9th April 2021 START-END 3 x 45 min 12:00 – 14:30

Monday 12th April 2021 START-END 3 x 45 min 10:00 – 12:30

Tuesday 13th April 2021 START-END 1 x 45 min + 2 x 45 min(open hours)

10:00 – 12:30

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.