Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Phylogenetics and systematics: topics about the theory and practice

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WB.VP-3 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0511) Biologia
Nazwa przedmiotu: Phylogenetics and systematics: topics about the theory and practice
Jednostka: Wydział Biologii
Grupy: Kursy w języku angielskim dla studentów programu Erasmus+ (Wydział Biologii)
Punkty ECTS i inne: 3.00
Język prowadzenia: angielski

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/2020" (w trakcie)

Okres: 2020-02-24 - 2020-06-14
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 30 godzin, 15 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Vitor Miranda, Bartosz Płachno
Prowadzący grup: Vitor Miranda, Bartosz Płachno
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Ocena wliczana do średniej:

tak

Efekty kształcenia:

The student understands the theoretical framework of molecular evolution and phylogenetic methods applied to produce phylogenetic hypothesis on any organism – plant, animal, fungi, and bacteria. He/she understands the basic framework on methods based on distance (Neighbor Joining, UPGMA), parsimony, and probabilistic approaches (Maximum Likelihood and Bayesian inference).

Forma i warunki zaliczenia:

The students will have to design a phylogenetic study and produce a scientific article addressing a phylogenetic question or hypothesis.

Metody dydaktyczne:

Attendance in and out classes. The students will have exercises using computer programs. Also, they will produce a phylogenetic study based on DNA sequences from GenBank under the

Bilans punktów ECTS:

dział w wykładach i warsztatach/ Lecture and workshops: 30 godz/hours.


Przygotowanie do warsztatów oraz ugruntowanie wiedzy i umiejętności/ Preparing for workshops and strengthening knowledge and skills: 45 godz/hours.


Przygotowanie do zaliczenia/preparing for passing classes: 15 godz.


Suma/Total: 90 godz/hours.


3 ECTS


Grupa treści kształcenia:

Grupa treści kształcenia do wyboru

Literatura:

DeSalle, R., Giribet, G. & Wheeler, W. (ed.) 2002. Molecular Systematics and Evolution: Theory and Practice. Basel: Birkhäuser Verlag. 309p.

Felsenstein, J. 2004. Inferring Phylogenies. Sunderland: Sinauer Associates, Inc. 666p.

Hillis, D. M., Moritz, C., Mable, B. K. (ed.) 1996. Molecular Systematics. Sunderland: Sinauer Associates, Inc. 2 ed. 668p.

Lemey, P.; Salemi, M.; Vandamme, A.-M. (ed.) 2009. The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing. Cambridge University Press. 2 ed. 723p.

Li, W.-H. 1997. Molecular Evolution. Sinauer Ass., Inc., Sunderland.

Page, R. D. M. & Holmes, E. C. 1998. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Oxford: Blackell Science. 346p.

Scotland, R. & Pennington, R. T. (ed.) 2000. Homology and Systematics. Philadelphia: Taylor & Francis Inc. 218p.

Wiley, E.O.; Lieberman, B.S. 2011. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, New Jersey. 2 ed. 429p.

Yang, Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford University Press Inc., New York. 357p.

Uwagi:

Studenci są proszeni o przyjście z laptopami.

Wykład, warsztaty z komputerami /Lecture, workshops with computers

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.