Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Taksonomia integratywna

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WBNZ-911 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0511) Biologia
Nazwa przedmiotu: Taksonomia integratywna
Jednostka: Instytut Zoologii i Badań Biomedycznych
Grupy: Biologia: przedmioty dla programu WBNZ-n011-0-ZD-6
Kursy zalecane w ścieżce kształcenia: biologia molekularna, I st.
Kursy zalecane w ścieżce kształcenia: biologia organizmów, I st.
Punkty ECTS i inne: 3.00
Język prowadzenia: polski

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/2021" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2020-10-01 - 2021-01-28

Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 25 godzin, 16 miejsc więcej informacji
Wykład, 15 godzin, 16 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Dorota Lachowska-Cierlik, Łukasz Michalczyk
Prowadzący grup: Dorota Lachowska-Cierlik, Łukasz Michalczyk
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Ocena wliczana do średniej:

tak

Cele kształcenia:

Zdobycie wiedzy dotyczącej zasad i metod klasyfikacji organizmów i analiz filogenetycznych. Nabycie umiejętności świadomego stosowania zdobytej wiedzy w stawianiu hipotez dotyczących gatunków i ich pokrewieństw. Opanowanie nowoczesnych metod współczesnej taksonomii oraz zrozumienie znaczenia prawidłowej delimitacji gatunków dla prowadzenia badań naukowych.

Efekty kształcenia:

W zakresie wiedzy:

Student:

• rozumie znaczenie matematyki i metod statystycznych oraz metod numerycznych w interpretacji zjawisk i procesów biologicznych;

• potrafi samodzielnie wykonać analizę filogenetyczną na podstawie macierzy danych;

• rozumie mechanizmy ewolucji, na podstawie zróżnicowania genetycznego wnioskuje o zachodzących procesach ewolucyjnych;

• stawia właściwe hipotezy odnośnie procesów ewolucyjnych i adaptacyjnych;

• wykazuje znajomość podstawowych kategorii pojęciowych i terminologii biologicznej;

• potrafi klasyfikować organizmy na podstawie powiązań filogenetycznych, rozszyfrowuje procesy filogenezy, rozumie znaczenie gatunku jako zasadniczej kategorii w klasyfikacji hierarchicznej;

• zna zasady regulujące przyznawanie nazw naukowych różnym jednostkom taksonomicznym oraz podstawowe prawa nomenklatury taksonomicznej;

• rozumie znaczenie poprawnej identyfikacji gatunków we wszelkich badaniach biologicznych, w szczególności w badaniach z zakresu ekologii oraz ochrony środowiska.

W zakresie umiejętności:

Student:

• stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze stosowane w badaniach biologicznych, odpowiednio aplikuje metodologię taksonomiczną do zaprojektowania własnych badań, stosuje odpowiednią nomenklaturę taksonomiczną, potrafi testować hipotezy w celu stworzenia kompletnej teorii opisującej systematykę badanej grupy organizmów;

• potrafi skonstruować diagnostyczny klucz dychotomiczny dla dowolnej grupy taksonomicznej;

• potrafi obsługiwać wybrany program graficzny w celu stworzenia ilustracji taksonomicznej;

• wykorzystuje dostępne bazy danych informacji naukowej z poszanowaniem prawa autorskiego, potrafi przeszukać w komputerowych bazach danych spokrewnionych sekwencji DNA i okazów dowodowych;

• stosuje na poziomie podstawowym metody matematyczne i statystyczne do opisu zjawisk i analizy danych, jest w stanie poprawnie zinterpretować wyniki własnych analiz i wyciągnąć wnioski odnośnie pokrewieństwa organizmów na podstawie wspólnych cech/homologii;

• proponuje dla badanych grup hierarchiczną klasyfikację, nadaje rangi poszczególnym grupom.

W zakresie kompetencji społecznych:

Student potrafi:

• współdziałać i pracować w grupie jako jej członek, a także kierować pracami niewielkiego zespołu;

• jest odpowiedzialny za powierzony sprzęt, bezpieczeństwo pracy własnej i innych;

• umie postępować w stanach zagrożenia.


Forma i warunki zaliczenia:

Zaliczenie na ocenę na podstawie:

Pisemnego egzaminu z wiedzy teoretycznej oraz samodzielnie wykonanej analizy taksonomicznej.

Wymagana obecności na co najmniej 80% zajęć.


Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów:

Efekt kształcenia w zakresie umiejętności będą weryfikowane na podstawie samodzielnie wykonanych analiz taksonomicznych (molekularnych i morfologicznych) (wymagane poprawne wykonanie wszystkich analiz). Efekty kształcenia z zakresu wiedzy będą weryfikowane na podstawie wyników egzaminu sprawdzającego znajomość podstawowych terminów i założeń, a także problemów współczesnej taksonomii (do zaliczenia wymagana znajomość 60 procent w/w).

Metody dydaktyczne:

Metody podające – prezentacja multimedialna

Metody praktyczne – ćwiczenia laboratoryjne, praca z komputerem (m.in. w programach: BioEdit, MEGA, MS PowerPoint, CorelDRAW oraz Corel PHOTO-PAINT).


Bilans punktów ECTS:

Aktywność nakład pracy

Udział w wykładach 15 h

Udział w ćwiczeniach laboratoryjnych 25 h

Przygotowanie do ćwiczeń 10 h

Przygotowanie sprawozdania z zajęć laboratoryjnych 10 h

Przygotowanie do egzaminu 20 h

Suma 80 h


Grupa treści kształcenia:

Grupa treści kształcenia do wyboru

Sylabus przedmiotu dla studentów rozpoczynających studia od roku akademickiego 19/20:

biologia

Pełny opis:

Wykłady:

Po co nam taksonomia? - zastosowanie metod taksonomii integratywnej w badaniach pokrewieństwa pomiędzy organizmami. Zagadnienie istoty gatunku, nowe możliwości identyfikacji gatunków – biologiczna metka. Nomenklatura i hierarchia linneuszowska. Historia metodologii taksonomicznej, metody taksonomii tradycyjnej (morfologia, morfometria) i molekularnej. Sposoby wytyczania jednostek taksonomicznych na podstawie danych morfologicznych, molekularnych i ekologicznych. Gatunki kryptyczne a estymacja bioróżnorodności. Opis taksonu nowego dla wiedzy, redeskrypcja i rewizja taksonomiczna. Kodowanie cech i tworzenie macierzy danych określających stopień podobieństwa. Podstawy teorii analizy filogenetycznej. Podstawowe terminy stosowane w rekonstrukcji filogenezy, struktura drzewa filogenetycznego, metody i etapy konstrukcji drzew filogenetycznych. Praktyczne zaprezentowanie procedur stosowanych w rekonstrukcji powiązań filogenetycznych pomiędzy organizmami. Koncepcje zoogeografii historycznej. Kodeks zoologiczny i publikowanie prac taksonomicznych. Cybertaksonomia i repozytoria danych – waga ogólnodostępnych danych o sekwencjach i voucherach (okazy dowodowe).

Ćwiczenia:

1. Wybór, pomiar i fotografia cech istotnych taksonomicznie.

2. Kodowanie cech morfologicznych i tworzenie macierzy danych.

3. Analiza cech systematycznych w programie TNT.

4. Metody izolacji i oczyszczania DNA.

5. Łańcuchowa reakcja syntezy (PCR) fragmentów DNA, elektroforeza, sekwencjonowanie fragmentów DNA.

6. Analiza sekwencji DNA w programie BioEdit lub Chromas.

7. Otrzymanie numeru identyfikacyjnego sekwencji – obsługa programu Sequin oraz praca z bazą danych NCBI.

8. Metody konstrukcji drzew filogenetycznych w programach MEGA.

9. Metody konstrukcji drzew filogenetycznych w programie MrBayes.

10. Ilustracja graficzna w taksonomii – rysunek, praca w programie Corel.

Literatura:

Hall B.G. Łatwe drzewa filogenetyczne. Poradnik użytkownika. Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2008.

Uwagi:

Kursy zalecane w ścieżce kształcenia: biologia molekularna, I st.

Kursy zalecane w ścieżce kształcenia: biologia organizmów, I st.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.