Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Bioinformatyka dla biochemików

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WBT-BCH396 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0588) Interdyscyplinarne programy i kwalifikacje obejmujące nauki przyrodnicze, matematykę i statystykę
Nazwa przedmiotu: Bioinformatyka dla biochemików
Jednostka: Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
Grupy: przedmioty obowiązkowe dla 2 roku biochemii BCH - licencjat
Punkty ECTS i inne: 3.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/2021" (w trakcie)

Okres: 2021-02-25 - 2021-06-15
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 30 godzin więcej informacji
Seminarium, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Krzysztof Murzyn
Prowadzący grup: Adrian Kania, Krzysztof Murzyn, Krzysztof Sarapata, Anna Wójcik-Augustyn
Strona przedmiotu: http://bioinfo.mol.uj.edu.pl/courses
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Efekty kształcenia:

Po zaliczeniu kursu Student:


w zakresie wiedzy

  • zna podstawowe metody bioinformatycznej analizy sekwencji i struktury biopolimerów (BCH1K_W02, P1A_W02, PA1_W03, P1A_W06)
  • wyjaśnia i rozumie terminologię wykorzystywaną w prowadzeniu badań metodami bioinformatycznymi, w szczególności zna znaczenie pojęć: homologia (ortologia i paralogia), homoplazja, dopasowanie sekwencji, algorytmy heurystyczne, ontologia genowa (BCH1K_W13, P1A_W05, P1A_W07)


w zakresie umiejętności

  • obsługuje na poziomie podstawowym specjalistyczne oprogramowanie bioinformatyczne umożliwiające m.in. porównywanie i edycję sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych oraz analizę struktury przestrzennej białka (BCH1K_U04, P1A_U01)
  • potrafi samodzielnie analizować dane literaturowe w odpowiednich bazach danych (BCH1K_U03, P1A_U03)
  • potrafi omówić wybrane zagadnienia bioinformatyczne na podstawie lektury źródłowej literatury w języku angielskim (BCH1K_U15, P1A_U10; BCH1K_U20, P1A_U12)


w zakresie kompetencji społecznych

  • zna zakres i ograniczenia posiadanej przez siebie wiedzy w zakresie bioinformatyki i rozumie potrzebę jej ciągłego pogłębiania i aktualizowania (BCH1K_K01, P1A_K01, P1A_K05)
  • potrafi pracować w zespole nad realizacą projektów bioinformatycznych wymagających współdziałania i wykorzystania kilku różnych metod analizy danych (BCH1K_K03, P1A_K02, P1A_K03)


Wymagania wstępne:

zaliczenie kursów: matematyki, biofizyki, biochemii

Forma i warunki zaliczenia:

Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (20%), sprawozdań (10%), prezentacji seminaryjnej oraz udziału w dyskusji seminaryjnej (20%), testu praktycznego (25%) i testu końcowego (25%).

Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów:

Sprawdzian przygotowania do ćwiczeń i ich wykonania. opracowania. Krótki test wyboru w trakcie trwania ćwiczeń. Dwa praktyczne testy kompetencyjne: (1) na zakończenie ćwiczeń , (2) na zakończenie kursu. Pytania zadawane studentom w czasie seminariów. Kryteria oceny oraz skala ocen są podawane na początku zajęć i umieszczane na stronie www kursu (do ciągłego wglądu).

Metody dydaktyczne - słownik:

Metody podające - objaśnienie lub wyjaśnienie
Metody podające - prezentacja multimedialna
Metody praktyczne - seminarium
Metody programowane - z użyciem komputera

Bilans punktów ECTS:

Aktywność (nakład pracy):


udział w seminariach (10 godzin), udział w ćwiczeniach (30 godzin) przygotowanie się do ćwiczeń (8 godzin), przygotowanie raportów z zadań do samodzielnego wykonania (6 godzin), przygotowanie się do testów zaliczeniowych (16 godzin), przygotowanie do seminariów (20 godzin)


Łączny nakład pracy: 90 godzin

Skrócony opis:

Algorytmy lokalnego i globalnego dopasowania sekwencji, programy pakietu EMBOSS, metody przeszukiwania baz danych sekwencji (BLAST i FASTA)

Pełny opis:

Bioinformatyka jest nową dziedziną nauk biologicznych, która stosuje techniki i modele komputerowe do przetwarzania informacji gromadzonej w licznych biologicznych bazach danych.

W trakcie seminariów przedstawione zostaną: teoretyczne podstawy bioinformatyki w zakresie elementarnej analizy sekwencji białek i kwasów nukleinowych metodami macierzy kropkowych, techniki ekploracji biologicznych danych tekstowych, sposoby tworzenia dopasowań sekwencji metodami programowania dynamicznego, sposoby wyznaczania i zakresu stosowalności macierzy podstawień aminokwasowych, zastosowania algorytmów heurystycznych do przeszukiwania baz danych sekwencji.

Ćwiczenia w ramach kursu obejmują następujące zagadnienia: 1) Powłoka systemu GNU/Linux. Wyrażenia regularne. 2) Wizualizacja struktury przestrzennej makrocząsteczek (PyMOL); 3) Serwisy internetowe: NCBI PubMed, Scopus i TR WebOfScience; 4) Analiza sekwencji. Programy narzędziowe EMBOSS; 5) Macierze kropkowe; 6) Dopasowanie lokalne i globalne sekwencji; 7) identyfikacja białek homologicznych metodą FASTA; 8) zastosowania heurystycznych algorytmów zaimplementowanych w pakiecie BLAST do porównywania sekwencji białek i kwasów nukleinowych; 9) praktyczny test kompetencji bioinformatycznych; 10) test końcowy.

Literatura:

Literatura podstawowa:

  • Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Higgs & Attwood, PWN 2008

Literatura uzupełniająca:

  • artykuły dot. wybranych zagadnień bioinformatycznych w j. ang. udostępniane dla uczestników seminariów

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.