Seminarium specjalistyczne II dla studentów II stopnia biochemii

Seminaria specjalistyczne poświęcone będą problemom współczesnej biochemii, ze szczególnym uwzględnieniem działów biochemii fizycznej, strukturalnej i analitycznej, w których mieszczą się badania wykonywane przez studenta na potrzeby pracy magisterskiej. Poniżej lista tematów proponowanych przez poszczególne zakłady:

ZBchA: Biochemia witamin i koenzymów. Enzymologia strukturalna. Enzymy proteolityczne: mechanizmy działania i regulacji. Biochemiczne mechanizmy równowagi patogen-gospodarz. Bioaktywne peptydy.

ZBPiB: Mechanizmy regulacji formowania biofilmów i ich wpływ na postęp infekcji. Analiza wzajemnych interakcji patogen-gospodarz.

ZBtM: Biochemia stresu oksydacyjnego. Drobnocząsteczkowe aktywatory i inhibitory hydroksylaz prolinowych. Aktywatory i inhibitory oksygenaz hemowych. Regulacja ekspresji genów przez stres oksydacyjny. Leki a stres oksydacyjny.

ZBchO: Mechanizmy regulacji wzrostu komórkowego. Kinazy białkowe i fosfatazy białkowe. Inhibitory kinaz białkowych w terapii przeciwnowotworowej. Biologiczne działanie organicznych i nieorganicznych pochodnych wanadu na organizm, narządy, linie komórkowe, organelle wewnątrzkomórkowe. Mechanizmy syntezy, biochemicznej modyfikacji, kierowania i wydzielania z komórki cząsteczek. Komórki prawidłowe i nowotworowe. Kontakt komórek z środowiskiem. (8) Mechanizmy egzo- i endocytozy. Genomika żywienia. Żywienie a gospodarka hormonalna.

ZBchK: Cytokiny uczestniczące w rozwoju i wygaszaniu stanu zapalnego. Aktywacja komórek w stanie zapalnym - transdukcja sygnałów wewnątrzkomórkowych i efekty biologiczne. Proteoliza białek błonowych. Odmienność funkcji białek błonowych i ich form rozpuszczalnych. Przeciwciała monoklonalne – otrzymywanie i zastosowania. Aptamery – otrzymywanie i zastosowania. Aktywacja przez czynniki wzrostu kaskady kinaz MAP. Czynniki transkrypcyjne - funkcjonowanie i mechanizmy ich aktywacji. Elementy regulatorowe genów. Podłoże molekularne stanu zapalnego. Choroby genetyczne i ich patogeneza. Metody stosowane w analizie transkryptomu.

ZFBchR: Molekularny mechanizm cyklu ksantofilowego. Wpływ metali ciężkich na funkcjonowanie komórek roślinnych. Stres oksydacyjny – mechanizmy obronne. Wpływ różnych czynników na dynamikę molekularną błon. Struktura i funkcja fotoreceptorów roślinnych. Biochemia przekazywania sygnału w roślinach. Procesy biochemiczne charakterystyczne dla plastydów. Biochemia stresu u roślin. Biosynteza i biodegradacja barwników fotosyntetycznych. Zastosowanie roślinnych metabolitów wtórnych w terapii. Terapia fotodynamiczna nowotworów. Zastosowanie enzymów w syntezie związków bioaktywnych. Modelowanie kompleksów fotosyntetycznych i procesów w nich zachodzących. Biochemia antyutleniaczy. Chinony prenylowe w układach biologicznych. Reaktywne formy tlenu w fotosyntezie. Mechanizm wydzielania tlenu w fotosyntezie i udział białek w tym procesie. Biogeneza aparatu fotosyntetycznego. Biosynteza barwników fotosyntetycznych. Wpływ metali ciężkich na biosyntezę i funkcjonowanie aparatu fotosyntetycznego.

ZFBRR: Metaboliczne szlaki biosyntezy roślinnych metabolitów wtórnych i ich biologiczne znaczenie.

ZI: Biochemia proteinaz błonowych. Proteoliza w układzie immunologicznym. Cząsteczki o kluczowym znaczeniu w indukcji i hamowaniu odpowiedzi obronnej. Mechanizmy regulacji funkcji komórek układu obronnego. Choroby o podłożu immunologicznym-alergia, nowotwory, choroby autoimmunologiczne.

ZM: Biochemia czynników wirulencji bakterii patogennych. Oddziaływania bakterii i wirusów w koinfekcjach. Biochemia systemów obrony przed infekcją. Biochemiczne mechanizmy rozregulowania systemu immunologicznego przez patogeny. Rola enzymów proteolitycznych bakterii w oddziaływaniach z gospodarzem.

ZBf: Ilościowa analiza metabolizmu komórki. Bioenergetyka molekularna. Budowa i właściwości fizyko-chemiczne białek oksydoredukcyjnych. Procesy bioenergetyczne w bakteriach fotosyntetyzujących. Mechanizmy oddziaływania miedzy białkami w układach oksydoredukcyjnych. Metody fotolizy błyskowej i EPR w poznaniu właściwości i mechanizu działania białek oksydoredukcyjnych

PGMW: Biochemia glikolipidów. Podstawy molekularne działania leków przeciwnowotworowych. Szczepionki peptydowe i ich zastosowanie w immunoterapii nowotworów. Zastosowanie modelowania molekularnego w badania oddziaływania przeciwciał z ligandem. Biologia fagów nitkowatych zakażających E. coli. Wykorzystanie fagowych bibliotek peptydowych do poszukiwania nowych leków.

ZBchF: A. Neurochemia: Metodyka badawcza stosowana w neurochemii. Modele zwierzęce schorzeń neuropsychia-trycznych. Naturalne neurotoksyny jako substancje narzędziowe stosowane w neurochemii. B. Biochemia fizyczna: Zależność struktury i funkcji białek oraz kwasów nukleinowych. Spektrofotometryczne metody badania parametrów strukturalnych białek i kwasów nukleinowych w roztworach. Kinetyczne, termodynamiczne i strukturalne metody badania oddziaływania białko-białko, białko-ligand i białko-DNA. Molekularne mechanizmy regulacji ekspresji genów w organizmach prokariotycznych i eukariotycznych. Proteomika – określanie poziomu ekspresji genów w tkankach zwierzęcych przy użyciu dwukierunkowej elektroforezy oraz spektrometrii masowej.

ZBtR: Mechanizmy regulacji ekspresji genów w komórkach roślinnych. Systemy naprawy DNA. Biochemia przekazywania sygnału w roślinach. Mechanizmy regulacji ekspresji genów w komórkach roślinnych. Kontinuum: ściana komórkowa-plazmolema-cytoszkielet – struktura i funkcja.

PBfK: Naprawa DNA. Struktura i funkcja jadra komórkowego. Uszkodzenia oksydacyjne błon i chromatyny i ich naprawa. Mechanizmy działania leków przeciwnowotworowych. Metody fluorescencyjne i nowe techniki mikroskopii optycznej w badaniach komórkowych.

ZChFE (WCh): Polimery w farmakologii. Polimery w inżynierii tkankowej. Zaawansowane metody fizykochemiczne w badaniach biochemicznych. Fluorescencyjne sondy molekularne w badaniach biochemicznych. Modelowanie i wyznaczanie parametrów termodynamicznych procesów oddziaływania substancji biologicznych z błoną komórkową przy wykorzystaniu techniki Langmuira- Blodgett.

ZChN (WCh): Biologiczna chemia pierwiastków. Fotoaktywacja, fotokataliza i fotosensybilizacja w naturalnych i modelowych układach o znaczeniu środowiskowym i biomedycznym. Fotochemia bionieorganiczna. Zaawansowane materiały nieorganiczne i nanotechnologia w aspekcie środowiskowym i medycznym

ZKK(WCh): Białka w warunkach ekstremalnych. Przemiany strukturalne białek a choroby molekularne