Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Genetyka molekularna bakterii

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WBt-BT117 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0511) Biologia
Nazwa przedmiotu: Genetyka molekularna bakterii
Jednostka: Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
Grupy:
Punkty ECTS i inne: 4.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/2021" (w trakcie)

Okres: 2021-02-25 - 2021-06-15
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 45 godzin, 20 miejsc więcej informacji
Seminarium, 15 godzin, 20 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Kinga Wójcik
Prowadzący grup: Małgorzata Benedyk-Machaczka, Maja Kosecka-Strojek, Aleksandra Wielento, Kinga Wójcik
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Ocena wliczana do średniej:

tak

Efekty kształcenia:

Wiedza:

Student opanował wiedzę na temat:

1. horyzontalnego transferu genów u bakterii [BT1K_W09,PIA_W04],

2. podstaw zmienności genomów bakteryjnych [BT1KW13, PIA_W01],

3. zna wpływ różnych czynników na przebieg i wydajność transformacji,

4. rozumie zasady konstrukcji szczepów mutantowych bakteri i [BT1KW13, PIA_W01],


Umiejętność:

Student potrafi:

1. wybrać odpowiednią metodę i wyizolować genomowy i plazmidowy DNA z bakterii,

2. wybrać odpowiednią metodę i wprowadzić DNA do komórek bakterii, uwzględniając gatunek biorcy,

3. namnożyć bakteriofagi, przeprowadzić typowanie fagowe i transdukcję bakterii,

5. przeprowadzić molekularne typowanie bakterii, posługując się technikami: PFGE, PCR-RFLP i innymi, opartymi na PCR

[BT1K_U01, PIA_U01, BT1K_U03, PIA_U01].


Kompetencje społeczne:

Student:

1. potrafi pracować indywidualnie i zespołowo, rozumie konieczność systematycznej pracy nad wszelkimi projektami grupowymi [BT1K_K02, PIA_K02],

2. rozumie konieczność bezwzględnego zachowania bezpieczeństwa podczas pracy z mikroorganizmami i organizmami modyfikowanymi genetycznie [BT1K_K07, PIA_K06],

3. wykazuje odpowiedzialność za powierzany sprzęt oraz utrzymanie porządku w miejscu pracy [BT1K_K05],


Wymagania wstępne:

Zaliczenie kursu podstawowego z mikrobiologii

Forma i warunki zaliczenia:

Zaliczenie z oceną, warunkiem zaliczenia jest:

obecność na zajęciach,

wykonanie ćwiczeń praktycznych, ze złożeniem pisemnego sprawozdania,

przygotowanie i przedstawienie prezentacji


Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów:

Prowadzący obserwuje pracę studenta na zajęciach i w razie potrzeby służy mu rada i pomocą. Student powinien wykonać wszystkie powierzone mu zadania. Praca studenta na zajęciach, w tym umiejętność współpracy z kolegami, a także udział w dyskusjach ma wagę 1/3 oceny końcowej.

Prowadzący ocenia sprawozdania studentów z wykonanych ćwiczeń i omawia z nimi popełnione błędy. Sprawozdania powinny zawierać wyniki eksperymentów, niezbędne obliczenia i omówienie wyników. Ocena za sprawozdanie ma wagę 1/3 oceny końcowej.

Prowadzący ocenia prezentacje studentów pod kątem merytorycznym, wskazuje na niedociągnięcia formy prezentacji. Ocena ma wagę 1/3 oceny końcowej.    


Metody dydaktyczne - słownik:

E-learning
Metody podające - objaśnienie lub wyjaśnienie
Metody podające - prezentacja multimedialna
Metody praktyczne - ćwiczenia laboratoryjne
Metody praktyczne - pokaz
Metody praktyczne - seminarium
Metody programowane - z użyciem komputera

Metody dydaktyczne:

Metody podające - objaśnienie lub wyjaśnienie

Metody praktyczne - ćwiczenia laboratoryjne

Metody praktyczne - opracowanie wyników ćwiczeń

Metody praktyczne - seminarium

Metody problemowe - metody aktywizujące - dyskusja dydaktyczna



Bilans punktów ECTS:

Aktywność: Nakład pracy:


uczestnictwo w ćwiczeniach 45 godz

uczestnictwo w seminariach 15 godz

przygotowanie prezentacji 20 godz

przygotowanie sprawozdań z ćwiczeń 30 godz

przygotowanie do dyskusji, czytanie literatury 30 godz

Suma 125 godz.

Skrócony opis:

SEMINARIUM: Struktura i dynamika genomów bakteryjnych i podstawy zmienności genomów, horyzontalny transfer genów, polimorfizm DNA, badanie wirulencji bakterii in vivo, regulacja ekspresji genów u bakterii,

ĆWICZENIA: izolacja DNA, metody badania polimorfizmu materiału genetycznego, porównanie metod transformacji bakteri i wpływu czynników zewnętrznych na wydajność procesu, koniugacja, bakteriofagi - mianowanie i typowanie fagowe, transdukcja, metody bioinformatyczne

Pełny opis:

Zadaniem kursu jest zapoznanie studenta z podstawowymi problemami genetyki bakterii i powszechnie stosowanymi technikami badań bakteryjnych genomów. Część laboratoryjna kursu składa się z 3 bloków tematycznych:

I. Badanie mechanizmów horyzontalnego transferu informacji genetycznej z ich wykorzystaniem do analizy genomów oraz dla potrzeb biotechnologii, a w tym: 1) porównanie metod transformacji bakterii naturalnie i sztucznie kompetentnych: - szok cieplny, elektroporacja, - transformacja u bakterii gramdodatnich i gramujemnych. 2) badanie wpływu czynników zewnętrznych na przebieg i wydajność transformacji., 3) bakteriofagi infekujące bakterie gramujemne i gramdodatnie, mianowanie fagów, typowanie fagowe. 4) transdukcja fagowa jako narzędzie do konstrukcji szczepów mutantowych. 5) koniugacja jako metoda sporządzania map genetycznych. II. Badanie zmienności genomów bakteryjnych, obejmujący: 1) izolację DNA z bakterii gramujemnych i gramdodatnich. 2) metody badania polimorfizmu u bakterii: -  analiza makrorestrykcyjna i elektroforeza pulsowa, -   PCR-RFLP, -  rep-PCR, -  multipleks-PCR, 3) profile plazmidowe szczepów bakteryjnych. III. Metody bioinformatyczne stosowane w analizie genomów bakteryjnych.

W części seminaryjnej kursu zostaną omówione następujące problemy: 1) struktura i dynamika genomów bakteryjnych. 2) polimorfizm genowy i genomowy - metody badania i zastosowanie diagnostyczne. 3) plazmidy bakteryjne (różnorodność, budowa, funkcja, naturalne mechanizmy utrzymywania i przekazywania w komórkach). 4) procesy rekombinacji materiału genetycznego u bakterii; 5) wymiana materiału genetycznego u bakterii: koniugacja, transdukcja, transformacja. 6) systemy selekcyjne dla potrzeb inżynierii genetycznej (auksotrofia, oporność na antybiotyki). 7) badanie wirulencji bakterii in vivo (systemy reporterowe, Differential Fluorescence Induction, In Vivo Expression Technology, In Vivo-Induced Antigen Technology). 8) mutageneza niespecyficzna i skierowana. 9) konwersja lizogenna. 10) transpozycja, mutageneza transpozonowa i Signature-Tagged Mutagenesis. 11) regulacja ekspresji genów u bakterii. 12) ewolucja mikroorganizmów, a transfer horyzontalny genów.

Literatura:

Podstawowa: Biologia molekularna bakterii. red. Baj,

Uzupełniająca: Diagnostyka molekularna w mikrobiologii. B. Krawczyk, J. Kur

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.