Drukuj sylabusBiochemia kwasów nukleinowych
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | WBt-BT158 |
| Kod Erasmus / ISCED: |
(brak danych)
/
(0512) Biochemia
|
| Nazwa przedmiotu: | Biochemia kwasów nukleinowych |
| Jednostka: | Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii |
| Grupy: |
przedmioty obowiązkowe dla III roku biotechnologii LIC |
| Punkty ECTS i inne: |
3.00
LUB
2.00
(w zależności od programu)
|
| Język prowadzenia: | polski |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/2024" (zakończony)
| Okres: | 2023-10-01 - 2024-01-28 |
 
PN CW
CW
WT CW
ŚR CW
CZ PT WYK
CW
|
| Typ zajęć: |
Ćwiczenia, 20 godzin
Wykład, 10 godzin
|
|
| Koordynatorzy: | Agata Lichawska-Cieślar | |
| Prowadzący grup: | Ewelina Fic, Agata Lichawska-Cieślar, Mateusz Wilamowski | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Przedmiot - Zaliczenie na ocenę | |
| Ocena wliczana do średniej: | tak |
|
| Cele kształcenia: | *uzyskanie wiedzy przez studentów o białkach oddziałujących z DNA/RNA *Zapoznanie studentów z podstawowymi metodami biologii molekularnej wykorzystującymi matryce DNA/RNA - sekwencjonowanie, formy PCR *Przygotowanie studentów do wykonania prostych eksperymentów z wykorzystaniem DNA/RNA - analiza sekwencjonowania, reakcja PCR - analiza płci/analiza mutacji/diagnostyka molekularna |
|
| Efekty kształcenia: | Wiedza: Student po zaliczeniu kursu: - posiada podstawową wiedzę w zakresie biochemii a szczególnie biochemii strukturalnej kwasów nukleinowych, przepływu informacji genetycznej (K_W06; Bch2_K_W01) - zna najważniejsze instrumentalne metody analizy kwasów nukleinowych (K_W11; Bch2_K_W02) - ma uporządkowaną wiedzę z zakresu genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej, niezbędną do stosowania współczesnych narzędzi biotechnologii (K_W13; Bch2_K_W05) Umiejętności: Student po zaliczeniu kursu: - stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze w zakresie: biochemii i genetyki molekularnej (K_U01; Bch2_K_U05) - potrafi obsługiwać podstawową aparaturę rutynowo stosowaną w laboratoriach (K_U03; Bch2_K_U06) - rozumie literaturę naukową z zakresu współczesnej biotechnologii w języku polskim; czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim (K_U05; Bch2_K_U02; Bch2_K_U03) - potrafi przygotować i przedstawić prezentację, dotyczącą zagadnień z zakresu biotechnologii i dyscyplin pokrewnych (K_U13; Bch2_K_U11) Kompetencje społeczne Student po zaliczeniu kursu: - rozumie potrzebę podnoszenia kompetencji zawodowych i aktualizowania wiedzy kierunkowej, jest świadom możliwości podejmowania studiów II i III stopnia oraz studiów podyplomowych (K_K01; Bch2_K_K01) - jest świadomy, że biotechnologia niesie za sobą dylematy bioetyczne i jest przygotowany na ich dostrzeganie i konieczność samodzielnego ich rozstrzygania (K_K03; Bch2_K_K07) - wykazuje odpowiedzialność za powierzany sprzęt, oraz poszanowanie pracy własnej i innych (K_K05) - jest odpowiedzialny za bezpieczeństwo pracy własnej i innych (K_K07; Bch2_K_K03) |
|
| Wymagania wstępne: | zalecane wcześniejsze zaliczenie kursu Biochemia i Genetyka |
|
| Forma i warunki zaliczenia: | Pozytywna ocena z egzaminu pisemnego – odpowiedź na 10 krótkich pytań. Zaliczenie wykładów - po uzyskaniu 60% pozytywnych odpowiedzi. Warunkiem przystąpienia do zaliczenia wykładów jest zaliczenie części praktycznej (zaliczenie pisemne na ostatnich zajęciach – 3 pytania związane z tematyką ćwiczeń). Zaliczenie ćwiczeń jest na ocenę - 1/10 tej oceny jest dodawana w postaci punktów do zaliczenia wykładu, np. student uzyskujący ocenę bardzo dobrą z ćwiczeń dostaje 0.5 pkt do punktacji uzyskanej za zaliczenie wykładów. |
|
| Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów: | Część praktyczna - pisemne zaliczenie - odpowiedz na 3 pytania związane z tematem ćwiczeń Część teoretyczna - zaliczenie pisemne - odpowiedzi na 10 pytań z tematyki prezentowanej na wykładzie |
|
| Metody dydaktyczne: | Wykłady: Metody podające - wykład informacyjny Cwiczenia - Metody praktyczne - ćwiczenia laboratoryjne; metody podające - prelekcja, pogadanka, metody problemowe - dyskusja dydaktyczna |
|
| Bilans punktów ECTS: | Wykłady: 10 godz. Cwiczenia: 30 godz. Przygotowanie do Cwiczeń; 15 godz. Przygotowanie do pisemnego zaliczenia części praktycznej: 10h Przygotowanie do zaliczenia części teoretycznej: 20h razem 85 godz ECTS 3 |
|
| Wymiar, zasady i forma odbywania praktyk: | |
|
| Sylabus przedmiotu dla studentów rozpoczynających studia od roku akademickiego 19/20 lub później: | Biotechnologia, studia stacjonarne pierwszego stopnia, rok 3 |
|
| Skrócony opis: |
Wykłady: Struktura i własności kwasów nukleinowych; budowa chromosomów prokariotycznych i eukariotycznych; Modyfikacje na poziomie DNA i histonów oraz ich znaczenie w strukturze i aktywności DNA; Metody stosowane w badaniu interakcji białko -DNA, DNA-DNA, cDNA-RNA; Sekwencjonowanie i metody amplifikacji DNA. Zajęcia laboratoryjne: Chemiczna synteza oligonukleotydów z użyciem automatycznego syntetyzatora DNA i metody sekwencjonowania; izolacja DNA z krwi uczestników kursu; metody diagnostyczne wybranych schorzeń oparte na technice PCR, RT-PCR; metoda analizy poziomu ekspresji i kopii genu przy użyciu reakcji Q-RT-PCR |
|
| Pełny opis: |
Wykład: Strategia sekwencjonowania genomu człowieka, struktura i właściwosci kwasów nukleinowych; struktura chromosomów prokariotycznych i eukariotycznych; modyfikacje histonów; białka HMG i ich modyfikacje, oddziaływanie kwasów nukleinowych z białkami; metody badania oddziaływania białek z DNA, reakcja PCR, PCR w czasie rzeczywistym, modyfikacje reakcji PCR (podstawowa PCR, Q-RT-PCR, TAS-PCR, NASBA-PCR; LCR-PCR); metody sekwencjonowania DNA (metoda Maxama i Gilberta, Sangera, pirosekwencjonowanie). Zajęcia laboratoryjne: 1. Sekwencjonowanie DNA i synteza oligonukleotydów Izolacja DNA z kropli krwi; omówienie metod sekwencjonowania oraz analiza żeli sekwencyjnych; omówienie metody syntezy oligonukleotydów; Sekwencjonowanie i analiza mutacji charakterystycznej dla ceroidolipofuscynozy neuronalnej typu 2. 2. Analiza polimorfizmu DNA Wykonanie PCR z wykorzystaniem DNA chorego na dystrofię miotoniczną; gen DMPK - polimorfizm sekwencji mikrosatelitarnych; Wykonanie PCR z wykorzystaniem DNA uczestników kursu; gen ACE - polimorfizm insercyjno-delecyjny. Omówienie polimorfizmu punktowego, polimorfizmu sekwencji powtórzonych oraz polimorfizmu insercyjno-delecyjnego. 3. PCR w czasie rzeczywistym Wykonanie PCR w czasie rzeczywistym z wykorzystaniem komórek stymulowanych cytokiną prozapalną oraz komórek stabilnie transfekowanych konstruktem z nadekspresją określonego genu. Omówienie stosowania PCR w czasie rzeczywistym w diagnostyce molekularnej (zmiany poziomu ekspresji pod wpływem stymulantów, poziom ekspresji w zależności od polimorfizmu genetycznego, oznaczanie GMO) |
|
| Literatura: |
Literatura podstawowa: 1. Przykłady analiz DNA. Pod red. R. Słomskiego; Wyd Uniw. Przyrodniczego w Poznaniu, 2004 2. Baza danych o chorobach genetycznych – OMIM; on-line: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 3. Genetyka – ilustrowany przewodnik. E.Passarge (Tłum. T. Mazurczak); Wydawnictwo Lekarskie PZWL 2004, ISBN 83-200-2908-2 4. "Zasady Analizy Genomu" Wydawnictwa Naukowo-Techniczne, 1999, Literatura uzupełniająca: 1. Kircher M, Kelso J., High-throughput DNA sequencing -concepts and limitations. Bioessays. 2010 Jun;32(6):524-536. Najnowsze prace naukowe związane z danym zagadnieniem |
|
| Uwagi: |
Wykłady w roku 2023 będą odbywać się stacjonarnie w terminach: 13.10; 20.10; 27.10; 3.11, 24.11 w godzinach 8.30-10.00 Zaliczenie wykładów - 1.12.2023 Ćwiczenie 1: 9-13.10.2023; Zakład Biochemii Fizycznej; dr Ewelina Fic Ćwiczenie 2: 16-20.10.2023; Zakład Biochemii Ogólnej; dr Mateusz Wilamowski Ćwiczenie 3: 23-27.10.2023; Zakład Biochemii Ogólnej; dr Mateusz Wilamowski Kurs został częściowo przygotowany ze środków pochodzących z dotacji KNOW. |
|
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.
