Taksonomia integratywna
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | WBNZ-911 | Kod Erasmus / ISCED: |
(brak danych)
/
(0511) Biologia
![]() |
Nazwa przedmiotu: | Taksonomia integratywna | ||
Jednostka: | Instytut Zoologii i Badań Biomedycznych | ||
Grupy: |
Biologia: przedmioty dla programu WBNZ-n011-0-ZD-6 Kursy zalecane w ścieżce kształcenia: biologia molekularna, I st. Kursy zalecane w ścieżce kształcenia: biologia organizmów, I st. Przedmioty dla programu WBL-0011-1SO (Biologia 1 stopień; 1 rok; 2 rok) |
||
Punkty ECTS i inne: |
3.00 ![]() |
||
Język prowadzenia: | polski |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/2021"
Okres: | 2020-10-01 - 2021-01-28 |
![]() |
Typ zajęć: |
Ćwiczenia, 25 godzin, 16 miejsc ![]() Wykład, 15 godzin, 16 miejsc ![]() |
|
Koordynatorzy: | Dorota Lachowska-Cierlik, Łukasz Michalczyk | |
Prowadzący grup: | Dorota Lachowska-Cierlik, Łukasz Michalczyk | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę | |
Ocena wliczana do średniej: | tak |
|
Cele kształcenia: | Zdobycie wiedzy dotyczącej zasad i metod klasyfikacji organizmów i analiz filogenetycznych. Nabycie umiejętności świadomego stosowania zdobytej wiedzy w stawianiu hipotez dotyczących gatunków i ich pokrewieństw. Opanowanie nowoczesnych metod współczesnej taksonomii oraz zrozumienie znaczenia prawidłowej delimitacji gatunków dla prowadzenia badań naukowych. |
|
Efekty kształcenia: | W zakresie wiedzy: Student: • rozumie znaczenie matematyki i metod statystycznych oraz metod numerycznych w interpretacji zjawisk i procesów biologicznych; • potrafi samodzielnie wykonać analizę filogenetyczną na podstawie macierzy danych; • rozumie mechanizmy ewolucji, na podstawie zróżnicowania genetycznego wnioskuje o zachodzących procesach ewolucyjnych; • stawia właściwe hipotezy odnośnie procesów ewolucyjnych i adaptacyjnych; • wykazuje znajomość podstawowych kategorii pojęciowych i terminologii biologicznej; • potrafi klasyfikować organizmy na podstawie powiązań filogenetycznych, rozszyfrowuje procesy filogenezy, rozumie znaczenie gatunku jako zasadniczej kategorii w klasyfikacji hierarchicznej; • zna zasady regulujące przyznawanie nazw naukowych różnym jednostkom taksonomicznym oraz podstawowe prawa nomenklatury taksonomicznej; • rozumie znaczenie poprawnej identyfikacji gatunków we wszelkich badaniach biologicznych, w szczególności w badaniach z zakresu ekologii oraz ochrony środowiska. W zakresie umiejętności: Student: • stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze stosowane w badaniach biologicznych, odpowiednio aplikuje metodologię taksonomiczną do zaprojektowania własnych badań, stosuje odpowiednią nomenklaturę taksonomiczną, potrafi testować hipotezy w celu stworzenia kompletnej teorii opisującej systematykę badanej grupy organizmów; • potrafi skonstruować diagnostyczny klucz dychotomiczny dla dowolnej grupy taksonomicznej; • potrafi obsługiwać wybrany program graficzny w celu stworzenia ilustracji taksonomicznej; • wykorzystuje dostępne bazy danych informacji naukowej z poszanowaniem prawa autorskiego, potrafi przeszukać w komputerowych bazach danych spokrewnionych sekwencji DNA i okazów dowodowych; • stosuje na poziomie podstawowym metody matematyczne i statystyczne do opisu zjawisk i analizy danych, jest w stanie poprawnie zinterpretować wyniki własnych analiz i wyciągnąć wnioski odnośnie pokrewieństwa organizmów na podstawie wspólnych cech/homologii; • proponuje dla badanych grup hierarchiczną klasyfikację, nadaje rangi poszczególnym grupom. W zakresie kompetencji społecznych: Student potrafi: • współdziałać i pracować w grupie jako jej członek, a także kierować pracami niewielkiego zespołu; • jest odpowiedzialny za powierzony sprzęt, bezpieczeństwo pracy własnej i innych; • umie postępować w stanach zagrożenia. |
|
Forma i warunki zaliczenia: | Zaliczenie na ocenę na podstawie: Pisemnego egzaminu z wiedzy teoretycznej oraz samodzielnie wykonanej analizy taksonomicznej. Wymagana obecności na co najmniej 80% zajęć. |
|
Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów: | Efekt kształcenia w zakresie umiejętności będą weryfikowane na podstawie samodzielnie wykonanych analiz taksonomicznych (molekularnych i morfologicznych) (wymagane poprawne wykonanie wszystkich analiz). Efekty kształcenia z zakresu wiedzy będą weryfikowane na podstawie wyników egzaminu sprawdzającego znajomość podstawowych terminów i założeń, a także problemów współczesnej taksonomii (do zaliczenia wymagana znajomość 60 procent w/w). |
|
Metody dydaktyczne: | Metody podające – prezentacja multimedialna Metody praktyczne – ćwiczenia laboratoryjne, praca z komputerem (m.in. w programach: BioEdit, MEGA, MS PowerPoint, CorelDRAW oraz Corel PHOTO-PAINT). |
|
Bilans punktów ECTS: | Aktywność nakład pracy Udział w wykładach 15 h Udział w ćwiczeniach laboratoryjnych 25 h Przygotowanie do ćwiczeń 10 h Przygotowanie sprawozdania z zajęć laboratoryjnych 10 h Przygotowanie do egzaminu 20 h Suma 80 h |
|
Grupa treści kształcenia: | Grupa treści kształcenia do wyboru |
|
Pełny opis: |
Wykłady: Po co nam taksonomia? - zastosowanie metod taksonomii integratywnej w badaniach pokrewieństwa pomiędzy organizmami. Zagadnienie istoty gatunku, nowe możliwości identyfikacji gatunków – biologiczna metka. Nomenklatura i hierarchia linneuszowska. Historia metodologii taksonomicznej, metody taksonomii tradycyjnej (morfologia, morfometria) i molekularnej. Sposoby wytyczania jednostek taksonomicznych na podstawie danych morfologicznych, molekularnych i ekologicznych. Gatunki kryptyczne a estymacja bioróżnorodności. Opis taksonu nowego dla wiedzy, redeskrypcja i rewizja taksonomiczna. Kodowanie cech i tworzenie macierzy danych określających stopień podobieństwa. Podstawy teorii analizy filogenetycznej. Podstawowe terminy stosowane w rekonstrukcji filogenezy, struktura drzewa filogenetycznego, metody i etapy konstrukcji drzew filogenetycznych. Praktyczne zaprezentowanie procedur stosowanych w rekonstrukcji powiązań filogenetycznych pomiędzy organizmami. Koncepcje zoogeografii historycznej. Kodeks zoologiczny i publikowanie prac taksonomicznych. Cybertaksonomia i repozytoria danych – waga ogólnodostępnych danych o sekwencjach i voucherach (okazy dowodowe). Ćwiczenia: 1. Wybór, pomiar i fotografia cech istotnych taksonomicznie. 2. Kodowanie cech morfologicznych i tworzenie macierzy danych. 3. Analiza cech systematycznych w programie TNT. 4. Metody izolacji i oczyszczania DNA. 5. Łańcuchowa reakcja syntezy (PCR) fragmentów DNA, elektroforeza, sekwencjonowanie fragmentów DNA. 6. Analiza sekwencji DNA w programie BioEdit lub Chromas. 7. Otrzymanie numeru identyfikacyjnego sekwencji – obsługa programu Sequin oraz praca z bazą danych NCBI. 8. Metody konstrukcji drzew filogenetycznych w programach MEGA. 9. Metody konstrukcji drzew filogenetycznych w programie MrBayes. 10. Ilustracja graficzna w taksonomii – rysunek, praca w programie Corel. | |
Literatura: |
Hall B.G. Łatwe drzewa filogenetyczne. Poradnik użytkownika. Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2008. | |
Uwagi: |
Kursy zalecane w ścieżce kształcenia: biologia molekularna, I st. Kursy zalecane w ścieżce kształcenia: biologia organizmów, I st. |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.