Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Podstawy bioinformatyki

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WBNZ-936 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0510) Biological and related sciences
Nazwa przedmiotu: Podstawy bioinformatyki
Jednostka: Instytut Nauk o Środowisku
Grupy: Biologia: przedmioty dla programu WBNZ-n011-0-ZD-6
Przedmioty dla programu WBL-0011-1SO (Biologia 1 stopień; 1 rok; 2 rok)
Przedmioty obowiązkowe dla II roku biologii (studia I stopnia)
Punkty ECTS i inne: 3.00
Język prowadzenia: polski

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/2021" (w trakcie)

Okres: 2020-10-01 - 2021-01-28

Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Pracownia komputerowa, 45 godzin, 24 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Wiesław Babik
Prowadzący grup: Wiesław Babik, Katarzyna Tomala
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Ocena wliczana do średniej:

tak

Cele kształcenia:

Student zdobędzie umiejętność pracy i automatyzacji zadań w systemie Linux, podstawową znajomość zasobów NCBI i ENSEMBL oraz zrozumienie natury danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego.

Efekty kształcenia:

Student zna bazy danych i metody obliczeniowe w biologii oraz rozumie ich znaczenie. Potrafi wykorzystywać informacje dostępne w publicznych bazach danych. Potrafi tworzyć proste skrypty automatyzujące analizę komputerową danych. Potrafi przeprowadzić prostą analizę sekwencji DNA uzyskanych metodami wysokoprzepustowymi.

Jest świadomy konieczności stosowania nowoczesnych metod bioinformatycznych w badaniach biologicznych.


Forma i warunki zaliczenia:

Obecność na co najmniej 80% zajęć; wykonanie i przedstawienie projektu bioinformatycznego (40 % oceny końcowej); uzyskanie ponad połowy maksymalnej liczby punktów w teście praktycznym (60 % oceny końcowej)

Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów:

Samodzielne wykonanie i sprawozdanie krótkiego projektu bioinformatycznego wymagającego zastosowania poznanych podczas zajęć programów oraz baz danych.

Test praktyczny: Student będzie pracował z komputerem. Otrzyma zestaw pytań, na które będzie mógł odpowiedzieć wykorzystując omawiane podczas trwania kursu programy (Blast, FASTQC, MAFFT, MEGA, Samtools) i bazy danych (ENSEMBL, NCBI), umiejętność pisania prostych skryptów w powłoce BASH. Student zostanie poproszony o podanie poprawnych odpowiedzi, jak również o przedstawienie algorytmu, umożliwiającego ich uzyskanie (z jakiego programu/polecenia/bazy danych korzystał).


Metody dydaktyczne:

Prezentacja multimedialna, praca indywidualna przy komputerze.

Bilans punktów ECTS:

Udział w ćwiczeniach: 45 h

Przygotowanie do zaliczenia: 20 h

Przygotowanie do ćwiczeń : 20 h

Razem: 85 h



Grupa treści kształcenia:

Grupa treści kierunkowych

Pełny opis:

- ogólnodostępne bazy danych sekwencji DNA i białek: NCBI, ENSEMBL

- przeszukiwanie baz sekwencji: BLAST

- przygotowywanie dopasowań sekwencji DNA i białek: MAFFT

- tworzenie drzew filogenetycznych w programie: MEGA

- podstawowe komendy powłoki systemu Linux (Bash)

- potoki i automatyzacja zadań w systemie Linux

- tworzenie prostych skryptów w powłoce Bash

- analiza danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego:

- kontrola jakości: FASTQC

- mapowanie odczytów do referencji: Bowtie

- filtrowanie plików z wynikami mapowania: SAMTOOLS

- wykrywanie polimorfizmów: SAMTOOLS

- określanie konsekwencji fenotypowych polimorfizmów: ENSEMBL, PROVEAN.

Literatura:

Uzupełniająca:

Higgs P.K., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. WN PWN 2008.

Uwagi:

Kurs obowiązkowy dla ścieżki: biologia molekularna - II rok.

Zajęcia praktyczne w laboratorium komputerowym.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.