Podstawy bioinformatyki
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | WBNZ-936 | Kod Erasmus / ISCED: |
(brak danych)
/
(0510) Biological and related sciences
 |
| Nazwa przedmiotu: | Podstawy bioinformatyki | ||
| Jednostka: | Instytut Nauk o Środowisku | ||
| Grupy: |
Biologia: przedmioty dla programu WBNZ-n011-0-ZD-6 Przedmioty dla programu WBL-0011-1SO (Biologia 1 stopień; 1 rok; 2 rok) Przedmioty obowiązkowe dla II roku biologii (studia I stopnia) |
||
| Punkty ECTS i inne: |
3.00 |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/2021" (w trakcie)
| Okres: | 2020-10-01 - 2021-01-28 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Pracownia komputerowa, 45 godzin, 24 miejsc  więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Wiesław Babik | |
| Prowadzący grup: | Wiesław Babik, Katarzyna Tomala | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Przedmiot - Zaliczenie na ocenę | |
| Ocena wliczana do średniej: | tak |
|
| Cele kształcenia: | Student zdobędzie umiejętność pracy i automatyzacji zadań w systemie Linux, podstawową znajomość zasobów NCBI i ENSEMBL oraz zrozumienie natury danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego. |
|
| Efekty kształcenia: | Student zna bazy danych i metody obliczeniowe w biologii oraz rozumie ich znaczenie. Potrafi wykorzystywać informacje dostępne w publicznych bazach danych. Potrafi tworzyć proste skrypty automatyzujące analizę komputerową danych. Potrafi przeprowadzić prostą analizę sekwencji DNA uzyskanych metodami wysokoprzepustowymi. Jest świadomy konieczności stosowania nowoczesnych metod bioinformatycznych w badaniach biologicznych. |
|
| Forma i warunki zaliczenia: | Obecność na co najmniej 80% zajęć; wykonanie i przedstawienie projektu bioinformatycznego (40 % oceny końcowej); uzyskanie ponad połowy maksymalnej liczby punktów w teście praktycznym (60 % oceny końcowej) |
|
| Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów: | Samodzielne wykonanie i sprawozdanie krótkiego projektu bioinformatycznego wymagającego zastosowania poznanych podczas zajęć programów oraz baz danych. Test praktyczny: Student będzie pracował z komputerem. Otrzyma zestaw pytań, na które będzie mógł odpowiedzieć wykorzystując omawiane podczas trwania kursu programy (Blast, FASTQC, MAFFT, MEGA, Samtools) i bazy danych (ENSEMBL, NCBI), umiejętność pisania prostych skryptów w powłoce BASH. Student zostanie poproszony o podanie poprawnych odpowiedzi, jak również o przedstawienie algorytmu, umożliwiającego ich uzyskanie (z jakiego programu/polecenia/bazy danych korzystał). |
|
| Metody dydaktyczne: | Prezentacja multimedialna, praca indywidualna przy komputerze. |
|
| Bilans punktów ECTS: | Udział w ćwiczeniach: 45 h Przygotowanie do zaliczenia: 20 h Przygotowanie do ćwiczeń : 20 h Razem: 85 h |
|
| Grupa treści kształcenia: | Grupa treści kierunkowych |
|
| Pełny opis: |
- ogólnodostępne bazy danych sekwencji DNA i białek: NCBI, ENSEMBL - przeszukiwanie baz sekwencji: BLAST - przygotowywanie dopasowań sekwencji DNA i białek: MAFFT - tworzenie drzew filogenetycznych w programie: MEGA - podstawowe komendy powłoki systemu Linux (Bash) - potoki i automatyzacja zadań w systemie Linux - tworzenie prostych skryptów w powłoce Bash - analiza danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego: - kontrola jakości: FASTQC - mapowanie odczytów do referencji: Bowtie - filtrowanie plików z wynikami mapowania: SAMTOOLS - wykrywanie polimorfizmów: SAMTOOLS - określanie konsekwencji fenotypowych polimorfizmów: ENSEMBL, PROVEAN. | |
| Literatura: |
Uzupełniająca: Higgs P.K., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. WN PWN 2008. | |
| Uwagi: |
Kurs obowiązkowy dla ścieżki: biologia molekularna - II rok. Zajęcia praktyczne w laboratorium komputerowym. | |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.