Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Molekularna filogenetyka roślin

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WBNZ-969 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0511) Biologia
Nazwa przedmiotu: Molekularna filogenetyka roślin
Jednostka: Instytut Botaniki
Grupy: Biologia: przedmioty dla programu WBNZ-n011-0-ZD-6
Przedmioty obowiązkowe dla III roku biologii (studia I stopnia)
Punkty ECTS i inne: 3.00
Język prowadzenia: polski

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2018/2019" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2019-02-23 - 2019-06-14
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 38 godzin więcej informacji
Wykład, 12 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Joanna Zalewska-Gałosz
Prowadzący grup: Grzegorz Góralski, Dagmara Kwolek, Jacek Madeja, Joanna Zalewska-Gałosz
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Ocena wliczana do średniej:

tak

Cele kształcenia:

Uzyskanie podstawowej wiedzy na temat mechanizmów ewolucji roślin na poziomie genetycznym, filogenezy roślin okrytozalążkowych a także metod i narzędzi stosowanych w badaniach filogenetycznych roślin.

Efekty kształcenia:

wiedza:


Student:

· opisuje wybrane algorytmy stosowane w rekonstrukcji filogenezy (wyrównania sekwencji nukleotydów i aminokwasów, tworzenia drzew filogenetycznych), wybrane modele ewolucji molekularnej, główne etapy filogenezy okrytozalążkowych

· wyjaśnia znaczenie hybrydyzacji i horyzontalnego transferu genów w ewolucji roślin


umiejętności:

Student:

· korzysta z internetowych baz sekwencji makrocząsteczek i wykorzystuje dane w badaniach filogenetycznych

· dobiera i wykorzystuje odpowiednie metody i programy filogenetyczne do postawionego problemu badawczego, kostruuje drzewa filogenetyczne z użyciem podstawowych algorytmów i wykorzystuje wybrane narzędzia informatyczne

· interpretuje strukturę filogenetyczną gatunku


Wymagania wstępne:

brak

Forma i warunki zaliczenia:

• Forma zaliczenia: egzamin w formie testu jednokrotnego wyboru

• Warunki zaliczenia: uzyskanie powyżej 50% punktów z egzaminu

• Warunki dopuszczenia do egzaminu: zaliczenie ćwiczeń (wykonanie zadań)


Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów:

Egzamin końcowy w formie testu jednokrotnego wyboru sprawdzający efekty kształcenia z zakresu wiedzy.

Z zakresu umiejętności, wykonanie zadań:

• z zakresu badań molekularnych: podczas ćwiczeń będzie sprawdzana poprawność wykonanych procedur. Student powinien wykonać przynajmniej połowę z nich prawidłowo.

• utworzenie prawidłowego drzewa filogenetycznego na podstawie dostarczonego zestawu sekwencji DNA oraz sekwencji wyszukanych i pobranych z internetowych baz danych.

• prawidłowe zinterpretowanie podczas ćwiczeń dostarczonych danych pod kątem struktury genetycznej w kontekscie geograficznym


Metody dydaktyczne:

• wykład informacyjny

• ćwiczenia z użyciem komputera

• ćwiczenia laboratoryjne


Bilans punktów ECTS:

Udział w zajęciach:

• wykład - 12 h

• ćwiczenia laboratoryjne - 8 h

• ćwiczeniach w pracowni komputerowej - 30 h


Praca własna studenta:

• przygotowanie do ćwiczeń (opanowanie umiejętności i wiedzy koniecznych do kolejnych zajęć) - 10 h

• przygotowanie do egzaminu - 15 h


w sumie: 75 h = 3 pkt ECTS


Grupa treści kształcenia:

Grupa treści kierunkowych

Pełny opis:

Wykłady:

Problemy w taksonomii i filogenetyce roślin. Podstawy kladystyki. Wczesna ewolucja życia. Modele ewolucji molekularnej. Algorytmy wyszukiwania i dopasowywania sekwencji. Algorytmy tworzenia i oceny drzew filogenetycznych. Hybrydyzacja i jej znaczenie w rekonstrukcji filogenezy. Horyzontalny transfer genów. Zegar molekularny – datowanie filogenezy. Filogenetyka okrytozalążkowych. Filogeografia. Kopalne DNA.

Ćwiczenia laboratoryjne:

Procedury i rozwiązywanie praktycznych problemów związanych z badaniami filogenetycznymi (np. zdegradowane DNA)

Ćwiczenia komputerowe:

Obróbka sekwencji DNA. Poznanie wybranych narzędzi i programów przydatnych w badaniach filogenetycznych. Wyszukiwanie informacji w bazach bioinformatycznych. Wybrane formaty danych. Pobieranie sekwencji DNA i białek. Dopasowanie sekwencji. Konstruowanie drzew filogenetycznych. Znajdywanie niezgodności sygnału filogenetycznego i detekcja poziomego transferu genów. Datowanie filogenezy (zegar molekularny). Badanie struktury filogeograficznej na przykładach.

Literatura:

Literatura podstawowa:

Materiały dostarczane studentom w formie drukowanej i elektronicznej

Literatura uzupełniająca:

Futuyma D. J. 2008. Ewolucja. Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego.

Barry G. Hall. 2009. Łatwe drzewa filogenetyczne. Wyd. UW.

Xiong J. 2011. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW.

Avise J. 2008. Markery molekularne, historia naturalna i ewolucja. WAM.

Kornaś J., Medwecka-Kornaś A., 2002. Geografia roślin. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.

Stace C. A. 1993. Taksonomia roślin i biosystematyka. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.

Stevens, P. F. (2001 onwards). Angiosperm Phylogeny Website. Version 9, June 2008. (http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/)

Uwagi:

Obowiązkowy dla ścieżki: biologia molekularna; III rok

Sposób realizacji: wykłady – 12h, ćwiczenia laboratoryjne – 8h, ćwiczenia w pracowni komputerowej – 30 h

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.