Molekularna filogenetyka roślin
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | WBNZ-969 | Kod Erasmus / ISCED: |
(brak danych)
/
(0511) Biologia
 |
| Nazwa przedmiotu: | Molekularna filogenetyka roślin | ||
| Jednostka: | Instytut Botaniki | ||
| Grupy: |
Biologia: przedmioty dla programu WBNZ-n011-0-ZD-6 Przedmioty obowiązkowe dla III roku biologii (studia I stopnia) |
||
| Punkty ECTS i inne: |
3.00 |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/2020" (zakończony)
| Okres: | 2020-02-24 - 2020-06-14 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Ćwiczenia, 38 godzin  więcej informacji Wykład, 12 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Joanna Zalewska-Gałosz | |
| Prowadzący grup: | Grzegorz Góralski, Dagmara Kwolek, Jacek Madeja, Joanna Zalewska-Gałosz | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Przedmiot - Egzamin | |
| Ocena wliczana do średniej: | tak |
|
| Cele kształcenia: | Uzyskanie podstawowej wiedzy na temat mechanizmów ewolucji roślin na poziomie genetycznym, filogenezy roślin okrytozalążkowych a także metod i narzędzi stosowanych w badaniach filogenetycznych roślin. |
|
| Efekty kształcenia: | wiedza: Student: · opisuje wybrane algorytmy stosowane w rekonstrukcji filogenezy (wyrównania sekwencji nukleotydów i aminokwasów, tworzenia drzew filogenetycznych), wybrane modele ewolucji molekularnej, główne etapy filogenezy okrytozalążkowych · wyjaśnia znaczenie hybrydyzacji i horyzontalnego transferu genów w ewolucji roślin umiejętności: Student: · korzysta z internetowych baz sekwencji makrocząsteczek i wykorzystuje dane w badaniach filogenetycznych · dobiera i wykorzystuje odpowiednie metody i programy filogenetyczne do postawionego problemu badawczego, kostruuje drzewa filogenetyczne z użyciem podstawowych algorytmów i wykorzystuje wybrane narzędzia informatyczne · interpretuje strukturę filogenetyczną gatunku |
|
| Wymagania wstępne: | brak |
|
| Forma i warunki zaliczenia: | • Forma zaliczenia: egzamin w formie testu jednokrotnego wyboru • Warunki zaliczenia: uzyskanie powyżej 50% punktów z egzaminu • Warunki dopuszczenia do egzaminu: zaliczenie ćwiczeń (wykonanie zadań) |
|
| Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów: | Egzamin końcowy w formie testu jednokrotnego wyboru sprawdzający efekty kształcenia z zakresu wiedzy. Z zakresu umiejętności, wykonanie zadań: • z zakresu badań molekularnych: podczas ćwiczeń będzie sprawdzana poprawność wykonanych procedur. Student powinien wykonać przynajmniej połowę z nich prawidłowo. • utworzenie prawidłowego drzewa filogenetycznego na podstawie dostarczonego zestawu sekwencji DNA oraz sekwencji wyszukanych i pobranych z internetowych baz danych. • prawidłowe zinterpretowanie podczas ćwiczeń dostarczonych danych pod kątem struktury genetycznej w kontekscie geograficznym |
|
| Metody dydaktyczne: | • wykład informacyjny • ćwiczenia z użyciem komputera • ćwiczenia laboratoryjne |
|
| Bilans punktów ECTS: | Udział w zajęciach: • wykład - 12 h • ćwiczenia laboratoryjne - 8 h • ćwiczeniach w pracowni komputerowej - 30 h Praca własna studenta: • przygotowanie do ćwiczeń (opanowanie umiejętności i wiedzy koniecznych do kolejnych zajęć) - 10 h • przygotowanie do egzaminu - 15 h w sumie: 75 h = 3 pkt ECTS |
|
| Grupa treści kształcenia: | Grupa treści kierunkowych |
|
| Sylabus przedmiotu dla studentów rozpoczynających studia od roku akademickiego 19/20: | ||
| Pełny opis: |
Wykłady: Problemy w taksonomii i filogenetyce roślin. Podstawy kladystyki. Wczesna ewolucja życia. Modele ewolucji molekularnej. Algorytmy wyszukiwania i dopasowywania sekwencji. Algorytmy tworzenia i oceny drzew filogenetycznych. Hybrydyzacja i jej znaczenie w rekonstrukcji filogenezy. Horyzontalny transfer genów. Zegar molekularny – datowanie filogenezy. Filogenetyka okrytozalążkowych. Filogeografia. Kopalne DNA. Ćwiczenia laboratoryjne: Procedury i rozwiązywanie praktycznych problemów związanych z badaniami filogenetycznymi (np. zdegradowane DNA) Ćwiczenia komputerowe: Obróbka sekwencji DNA. Poznanie wybranych narzędzi i programów przydatnych w badaniach filogenetycznych. Wyszukiwanie informacji w bazach bioinformatycznych. Wybrane formaty danych. Pobieranie sekwencji DNA i białek. Dopasowanie sekwencji. Konstruowanie drzew filogenetycznych. Znajdywanie niezgodności sygnału filogenetycznego i detekcja poziomego transferu genów. Datowanie filogenezy (zegar molekularny). Badanie struktury filogeograficznej na przykładach. | |
| Literatura: |
Literatura podstawowa: Materiały dostarczane studentom w formie drukowanej i elektronicznej Literatura uzupełniająca: Futuyma D. J. 2008. Ewolucja. Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego. Barry G. Hall. 2009. Łatwe drzewa filogenetyczne. Wyd. UW. Xiong J. 2011. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW. Avise J. 2008. Markery molekularne, historia naturalna i ewolucja. WAM. Kornaś J., Medwecka-Kornaś A., 2002. Geografia roślin. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa. Stace C. A. 1993. Taksonomia roślin i biosystematyka. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa. Stevens, P. F. (2001 onwards). Angiosperm Phylogeny Website. Version 9, June 2008. (http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/) | |
| Uwagi: |
Obowiązkowy dla ścieżki: biologia molekularna; III rok Sposób realizacji: wykłady – 12h, ćwiczenia laboratoryjne – 8h, ćwiczenia w pracowni komputerowej – 30 h | |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/2021" (jeszcze nie rozpoczęty)
| Okres: | 2021-02-24 - 2021-06-14 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Ćwiczenia, 38 godzin więcej informacji Wykład, 12 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Joanna Zalewska-Gałosz | |
| Prowadzący grup: | Grzegorz Góralski, Dagmara Kwolek, Jacek Madeja, Joanna Zalewska-Gałosz | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Przedmiot - Egzamin | |
| Ocena wliczana do średniej: | tak |
|
| Cele kształcenia: | Uzyskanie podstawowej wiedzy na temat mechanizmów ewolucji roślin na poziomie genetycznym, filogenezy roślin okrytozalążkowych a także metod i narzędzi stosowanych w badaniach filogenetycznych roślin. |
|
| Efekty kształcenia: | wiedza: Student: · opisuje wybrane algorytmy stosowane w rekonstrukcji filogenezy (wyrównania sekwencji nukleotydów i aminokwasów, tworzenia drzew filogenetycznych), wybrane modele ewolucji molekularnej, główne etapy filogenezy okrytozalążkowych · wyjaśnia znaczenie hybrydyzacji i horyzontalnego transferu genów w ewolucji roślin umiejętności: Student: · korzysta z internetowych baz sekwencji makrocząsteczek i wykorzystuje dane w badaniach filogenetycznych · dobiera i wykorzystuje odpowiednie metody i programy filogenetyczne do postawionego problemu badawczego, kostruuje drzewa filogenetyczne z użyciem podstawowych algorytmów i wykorzystuje wybrane narzędzia informatyczne · interpretuje strukturę filogenetyczną gatunku |
|
| Wymagania wstępne: | brak |
|
| Forma i warunki zaliczenia: | • Forma zaliczenia: egzamin w formie testu jednokrotnego wyboru • Warunki zaliczenia: uzyskanie powyżej 50% punktów z egzaminu • Warunki dopuszczenia do egzaminu: zaliczenie ćwiczeń (wykonanie zadań) |
|
| Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów: | Egzamin końcowy w formie testu jednokrotnego wyboru sprawdzający efekty kształcenia z zakresu wiedzy. Z zakresu umiejętności, wykonanie zadań: • z zakresu badań molekularnych: podczas ćwiczeń będzie sprawdzana poprawność wykonanych procedur. Student powinien wykonać przynajmniej połowę z nich prawidłowo. • utworzenie prawidłowego drzewa filogenetycznego na podstawie dostarczonego zestawu sekwencji DNA oraz sekwencji wyszukanych i pobranych z internetowych baz danych. • prawidłowe zinterpretowanie podczas ćwiczeń dostarczonych danych pod kątem struktury genetycznej w kontekscie geograficznym |
|
| Metody dydaktyczne: | • wykład informacyjny • ćwiczenia z użyciem komputera • ćwiczenia laboratoryjne |
|
| Bilans punktów ECTS: | Udział w zajęciach: • wykład - 12 h • ćwiczenia laboratoryjne - 8 h • ćwiczeniach w pracowni komputerowej - 30 h Praca własna studenta: • przygotowanie do ćwiczeń (opanowanie umiejętności i wiedzy koniecznych do kolejnych zajęć) - 10 h • przygotowanie do egzaminu - 15 h w sumie: 75 h = 3 pkt ECTS |
|
| Grupa treści kształcenia: | Grupa treści kierunkowych |
|
| Sylabus przedmiotu dla studentów rozpoczynających studia od roku akademickiego 19/20: | ||
| Pełny opis: |
Wykłady: Problemy w taksonomii i filogenetyce roślin. Podstawy kladystyki. Wczesna ewolucja życia. Modele ewolucji molekularnej. Algorytmy wyszukiwania i dopasowywania sekwencji. Algorytmy tworzenia i oceny drzew filogenetycznych. Hybrydyzacja i jej znaczenie w rekonstrukcji filogenezy. Horyzontalny transfer genów. Zegar molekularny – datowanie filogenezy. Filogenetyka okrytozalążkowych. Filogeografia. Kopalne DNA. Ćwiczenia laboratoryjne: Procedury i rozwiązywanie praktycznych problemów związanych z badaniami filogenetycznymi (np. zdegradowane DNA) Ćwiczenia komputerowe: Obróbka sekwencji DNA. Poznanie wybranych narzędzi i programów przydatnych w badaniach filogenetycznych. Wyszukiwanie informacji w bazach bioinformatycznych. Wybrane formaty danych. Pobieranie sekwencji DNA i białek. Dopasowanie sekwencji. Konstruowanie drzew filogenetycznych. Znajdywanie niezgodności sygnału filogenetycznego i detekcja poziomego transferu genów. Datowanie filogenezy (zegar molekularny). Badanie struktury filogeograficznej na przykładach. | |
| Literatura: |
Literatura podstawowa: Materiały dostarczane studentom w formie drukowanej i elektronicznej Literatura uzupełniająca: Futuyma D. J. 2008. Ewolucja. Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego. Barry G. Hall. 2009. Łatwe drzewa filogenetyczne. Wyd. UW. Xiong J. 2011. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW. Avise J. 2008. Markery molekularne, historia naturalna i ewolucja. WAM. Kornaś J., Medwecka-Kornaś A., 2002. Geografia roślin. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa. Stace C. A. 1993. Taksonomia roślin i biosystematyka. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa. Stevens, P. F. (2001 onwards). Angiosperm Phylogeny Website. Version 9, June 2008. (http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/) | |
| Uwagi: |
Obowiązkowy dla ścieżki: biologia molekularna; III rok Sposób realizacji: wykłady – 12h, ćwiczenia laboratoryjne – 8h, ćwiczenia w pracowni komputerowej – 30 h | |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.