Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Filogenetyka

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WBNZ-970 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0511) Biologia
Nazwa przedmiotu: Filogenetyka
Jednostka: Instytut Zoologii i Badań Biomedycznych
Grupy: Biologia: przedmioty dla programu WBNZ-n011-0-UD-4
Przedmioty dla programu WBL-0011-2SO (Biologia 2 stopień; 1 rok)
Przedmioty obowiązkowe dla I roku biologii (studia II stopnia)
Punkty ECTS i inne: 3.00
Język prowadzenia: polski

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2019/2020" (w trakcie)

Okres: 2019-10-01 - 2020-01-28

Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 21 godzin więcej informacji
Wykład, 18 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Maciej Pabijan
Prowadzący grup: Wiesław Babik, Maciej Pabijan, Edyta Podmokła
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Ocena wliczana do średniej:

tak

Cele kształcenia:

Zapoznanie studenta ze znaczeniem filogenetyki w współczesnej biologii porównawczej.

Efekty kształcenia:

Wiedza:

Student

- wyjaśni co reprezentuje drzewo filogenetyczne,

- wyjaśni jak filogenetyka przyczynia się do poznania przeszłości ewolucyjnej organizmów,

- opisze w jaki sposób relacje filogenetyczne determinują występowanie cech u organizmów żywych,

- wskaże przykłady ewolucji dywergentnej i konwergentnej posługując się drzewem filogenetycznym

- wyjaśni różnicę pomiędzy genealogią a drzewem populacyjnym/drzewem gatunków.

Umiejętności:

Student

- poprawnie zinterpretuje drzewo filogenetyczne i wyjaśni co oznacza statystyczne poparcie dla gałęzi,

- wykorzystuje pokrewieństwa filogenetyczne w celu prześledzenia ewolucji cechy w danej grupie organizmów,

- potrafi posługiwać się podstawowymi programami służącymi do konstruowania, edycji i manipulacji drzew filogenetycznych (np. MEGA).


Wymagania wstępne:

brak

Forma i warunki zaliczenia:

Uzyskaniu ponad połowę (co najmniej 51%) punktów z egzaminu końcowego w formie testu wielokrotnego wyboru.

Warunki dopuszczenia do egzaminu: udział w zajęciach, zaliczenie ćwiczeń.




Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów:

Wiedza sprawdzana jest na egzaminie za pomocą pytań testowych i/lub otwartych; na ćwiczeniach wiedza i umiejętności praktyczne są na bieżąco sprawdzane podczas dyskusji dydaktycznej i weryfikowane za pomocą kolokwiów cząstkowych.

Kryterium zaliczenia jest opanowanie przez studenta umiejętność konstruowania, czytania i interpretacji prostych drzew filogenetycznych oraz naniesionych na drzewa cech organizmów przy pomocy podstawowych programów.


Metody dydaktyczne:

Metody podające (wykład informacyjny),

Metody problemowe (wykład konwersatoryjny),

Metody aktywizujące (dyskusja dydaktyczna),

Ćwiczenia z wykorzystaniem komputera.


Bilans punktów ECTS:

Udział w zajęciach:

wykład – 18 h

ćwiczenia – 21 h


Praca własna studenta:

• praca samodzielna z ogólnodostępnym oprogramowaniem filogenetycznym - 25 h;

• przygotowanie do egzaminu – 30 h


w sumie: 94 h = 3 pkt ECTS



Grupa treści kształcenia:

Grupa treści kierunkowych

Sylabus przedmiotu dla studentów rozpoczynających studia od roku akademickiego 19/20:

biologia

Pełny opis:

Wykład:

- ciągłość życia na ziemi: od osobnika do drzewa życia

- podstawowa terminologia filogenetyczna

- długości gałęzi, szacowanie tempa ewolucji, zegary molekularne

- drzewo filogenetyczne jako hipoteza naukowa wyjaśniająca pokrewieństwa pomiędzy organizmami; szacowanie wiarygodności drzewa, politomia

- związek między klasyfikacją organizmów a filogenezą; filogenetyka jako narzędzie umożliwiające uporządkowanie świata biologicznego

- cechy organizmów a filogeneza

- podobieństwa a pokrewieństwa: analogie i homologie, plezjomorfie i apomorfie, homoplazje: konwergencje i rewersje

- genealogie i drzewa populacyjne, drzewa gatunków, niezgodności pomiędzy genealogiami i drzewami populacyjnymi; koalescencja i niepełne sortowanie linii ewolucyjnych

- modele ewolucji sekwencji DNA, podstawy działania algorytmów filogenetycznych

- ewolucja retikularna i jej znaczenie

- pojęcie gatunku

- zastosowania drzew filogenetycznych w badaniach nad ewolucją cech, w biogeografii, dywersyfikacji i radiacji; DNA środowiskowy i archiwalny

Ćwiczenia:

- podstawowe terminy opisujące drzewa filogenetyczne: topologia, węzły, gałęzie, korzeń, klady, wspólny przodek, grupy mono-, poli- i parafiletyczne, grupy siostrzane

- parsymonia

- sekwencje nukleotydowe jako podstawowe dane wykorzystywane do konstrukcji drzew filogenetycznych

- międzynarodowe bazy danych sekwencji nukleotydowych, BLAST

- uzyskiwanie i przyrównywanie sekwencji

- metody szacowania drzew filogenetycznych

- rysowanie drzew filogenetycznych

Literatura:

Literatura podstawowa:

Futuyma D.J., Ewolucja. Warszawa, 2008. wybrane rozdziały

Literatura uzupełniająca:

Hall B.G. Łatwe drzewa filogenetyczne. Poradnik użytkownika. Warszawa, 2008.

Krzanowska i in., Zarys Mechanizmów Ewolucji. Warszawa, 2002. wybrane rozdziały

Uwagi:

obowiązkowy dla I roku II stopnia

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.