Filogenetyka
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | WBNZ-970 | Kod Erasmus / ISCED: |
(brak danych)
/
(0511) Biologia
 |
| Nazwa przedmiotu: | Filogenetyka | ||
| Jednostka: | Instytut Zoologii i Badań Biomedycznych | ||
| Grupy: |
Przedmioty dla programu WBL-0011-2SO (Biologia 2 stopień; 1 rok + 2 rok) Przedmioty obowiązkowe dla I roku biologii (studia II stopnia) |
||
| Punkty ECTS i inne: |
3.00 |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/2021" (w trakcie)
| Okres: | 2020-10-01 - 2021-01-28 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Ćwiczenia, 21 godzin  więcej informacji Wykład, 18 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Maciej Pabijan | |
| Prowadzący grup: | Wiesław Babik, Stanisław Bury, Maciej Pabijan, Edyta Podmokła | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Przedmiot - Egzamin | |
| Ocena wliczana do średniej: | tak |
|
| Cele kształcenia: | Zapoznanie studenta ze znaczeniem filogenetyki w współczesnej biologii porównawczej. |
|
| Efekty kształcenia: | Wiedza: Student - wyjaśni co reprezentuje drzewo filogenetyczne, - wyjaśni jak filogenetyka przyczynia się do poznania przeszłości ewolucyjnej organizmów, - opisze w jaki sposób relacje filogenetyczne determinują występowanie cech u organizmów żywych, - wskaże przykłady ewolucji dywergentnej i konwergentnej posługując się drzewem filogenetycznym - wyjaśni różnicę pomiędzy genealogią a drzewem populacyjnym/drzewem gatunków. Umiejętności: Student - poprawnie zinterpretuje drzewo filogenetyczne i wyjaśni co oznacza statystyczne poparcie dla gałęzi, - wykorzystuje pokrewieństwa filogenetyczne w celu prześledzenia ewolucji cechy w danej grupie organizmów, - potrafi posługiwać się podstawowymi programami służącymi do konstruowania, edycji i manipulacji drzew filogenetycznych (np. MEGA). |
|
| Wymagania wstępne: | brak |
|
| Forma i warunki zaliczenia: | Uzyskaniu ponad połowę (co najmniej 51%) punktów z egzaminu końcowego w formie testu wielokrotnego wyboru. Warunki dopuszczenia do egzaminu: udział w zajęciach, zaliczenie ćwiczeń. |
|
| Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów: | Wiedza sprawdzana jest na egzaminie za pomocą pytań testowych i/lub otwartych; na ćwiczeniach wiedza i umiejętności praktyczne są na bieżąco sprawdzane podczas dyskusji dydaktycznej i weryfikowane za pomocą kolokwiów cząstkowych. Kryterium zaliczenia jest opanowanie przez studenta umiejętność konstruowania, czytania i interpretacji prostych drzew filogenetycznych oraz naniesionych na drzewa cech organizmów przy pomocy podstawowych programów. |
|
| Metody dydaktyczne: | Metody podające (wykład informacyjny), Metody problemowe (wykład konwersatoryjny), Metody aktywizujące (dyskusja dydaktyczna), Ćwiczenia z wykorzystaniem komputera. |
|
| Bilans punktów ECTS: | Udział w zajęciach: wykład – 18 h ćwiczenia – 21 h Praca własna studenta: • praca samodzielna z ogólnodostępnym oprogramowaniem filogenetycznym - 25 h; • przygotowanie do egzaminu – 30 h w sumie: 94 h = 3 pkt ECTS |
|
| Grupa treści kształcenia: | Grupa treści kierunkowych |
|
| Sylabus przedmiotu dla studentów rozpoczynających studia od roku akademickiego 19/20 lub później: | ||
| Pełny opis: |
Wykład: - ciągłość życia na ziemi: od osobnika do drzewa życia - podstawowa terminologia filogenetyczna - długości gałęzi, szacowanie tempa ewolucji, zegary molekularne - drzewo filogenetyczne jako hipoteza naukowa wyjaśniająca pokrewieństwa pomiędzy organizmami; szacowanie wiarygodności drzewa, politomia - związek między klasyfikacją organizmów a filogenezą; filogenetyka jako narzędzie umożliwiające uporządkowanie świata biologicznego - cechy organizmów a filogeneza - podobieństwa a pokrewieństwa: analogie i homologie, plezjomorfie i apomorfie, homoplazje: konwergencje i rewersje - genealogie i drzewa populacyjne, drzewa gatunków, niezgodności pomiędzy genealogiami i drzewami populacyjnymi; koalescencja i niepełne sortowanie linii ewolucyjnych - modele ewolucji sekwencji DNA, podstawy działania algorytmów filogenetycznych - ewolucja retikularna i jej znaczenie - pojęcie gatunku - zastosowania drzew filogenetycznych w badaniach nad ewolucją cech, w biogeografii, dywersyfikacji i radiacji; DNA środowiskowy i archiwalny Ćwiczenia: - podstawowe terminy opisujące drzewa filogenetyczne: topologia, węzły, gałęzie, korzeń, klady, wspólny przodek, grupy mono-, poli- i parafiletyczne, grupy siostrzane - parsymonia - sekwencje nukleotydowe jako podstawowe dane wykorzystywane do konstrukcji drzew filogenetycznych - międzynarodowe bazy danych sekwencji nukleotydowych, BLAST - uzyskiwanie i przyrównywanie sekwencji - metody szacowania drzew filogenetycznych - rysowanie drzew filogenetycznych | |
| Literatura: |
Literatura podstawowa: Futuyma D.J., Ewolucja. Warszawa, 2008. wybrane rozdziały Literatura uzupełniająca: Hall B.G. Łatwe drzewa filogenetyczne. Poradnik użytkownika. Warszawa, 2008. Krzanowska i in., Zarys Mechanizmów Ewolucji. Warszawa, 2002. wybrane rozdziały | |
| Uwagi: |
obowiązkowy dla I roku II stopnia | |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.