Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Białka rekombinowane i ukierunkowana mutageneza

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WBT-BCH350 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0512) Biochemia
Nazwa przedmiotu: Białka rekombinowane i ukierunkowana mutageneza
Jednostka: Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
Grupy:
Strona przedmiotu: http://www.zbf.wbbib.uj.edu.pl/dydaktyka/bialka-rekombinowane
Punkty ECTS i inne: 4.00 LUB 5.00 (w zależności od programu)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/2020" (w trakcie)

Okres: 2020-02-24 - 2020-06-14
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 45 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Marta Dziedzicka-Wasylewska, Ewelina Fic
Prowadzący grup: Ewa Błasiak, Ewelina Fic
Strona przedmiotu: http://www.zbf.wbbib.uj.edu.pl/dydaktyka/bialka-rekombinowane
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie
Ocena wliczana do średniej:

tak

Cele kształcenia:

- Uzyskanie przez studentów wiedzy na temat procedury powstawania białek rekombinowanych, począwszy od wprowadzenia zmian w genie wybranego białka, poprzez produkcję białka rekombinowanego w wybranym systemie ekspresyjnym i jego oczyszczanie.

- Przygotowanie studentów do pracy laboratoryjnej: poznanie zasad przeprowadzania eksperymentu, opracowanie i analiza wyników.


Efekty kształcenia:

WIEDZA

Student:

- ma wiedzę na temat technik biologii molekularnej wykorzystywanych w tworzeniu białek rekombinowanych [BCH2K_W01, BCH2K_W05];

- zna czynniki wpływające na wydajność produkcji białek w prokariotycznych i eukariotycznych systemach ekspresyjnych [BCH2K_W01, BCH2K_W12];

- ma wiedzę na temat różnych metod chromatograficznych wykorzystywanych do oczyszczania białek rekombinowanych [BCH2K_W01, BCH2K_W12].


UMIEJĘTNOŚCI

Student:

- potrafi zastosować PCR do modyfikacji genów z wykorzystaniem mutagenezy ukierunkowanej [BCH2K_U01];

- umie wybrać system ekspresyjny do produkcji białka o określonych właściwościach [BCH2K_U01];

- potrafi przeprowadzić oczyszczanie białka przy użyciu wybranych metod chromatograficznych [BCH2K_U01];

- umie korzystać z aparatury laboratoryjnej [BCH2K_U06];

- potrafi przygotować i wygłosić referat na wybrany temat korzystając z literatury naukowej i źródeł internetowych [BCH2K_U02, BCH2K_U11].


KOMPETENCJE SPOŁECZNE

Student:

- potrafi pracować indywidualnie oraz w zespole, umie podejmować dyskusję i prawidłowo dobierać argumenty [BCH2K_K02, BCH2K_K03].



Wymagania wstępne:

Zaliczenia kursu Biochemia



Forma i warunki zaliczenia:

1. Ocena końcowa z ćwiczeń jest średnią arytmetyczną z ocen za sprawozdania i referat.

2. Warunkiem dopuszczenia do końcowego egzaminu (pytania testowe jednokrotnego wyboru, krótkie pytania opisowe oraz kilka pytań dotyczących projektowania starterów) jest uzyskanie zaliczenia z ćwiczeń (ocena co najmniej dostateczna).

3. Warunkiem zaliczenia kursu jest uzyskanie zaliczenia z ćwiczeń oraz pozytywna ocena z końcowego egzaminu. Aby uzyskać pozytywną ocenę z egzaminu końcowego należy uzyskać ponad 50% punktów.

4. Ocena końcowa z kursu jest średnią ważoną ocen z ćwiczeń (25%) i egzaminu (75%) pod warunkiem, że obie oceny są ocenami pozytywnymi.


Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów:

1. Raporty z ćwiczeń zawierające opis przeprowadzonych doświadczeń oraz analizę wyników.

2. Sprawdzanie umiejętności studentów w trakcie zajęć laboratoryjnych.

3. Egzamin pisemny (test jednokrotnego wyboru, krótkie pytania opisowe oraz zadanie dotyczące projektowania starterów) w zakresie wiedzy zdobytej na kursie i umiejętności projektowania starterów do modyfikacji genów.



Metody dydaktyczne - słownik:

Metody podające - objaśnienie lub wyjaśnienie
Metody podające - wykład informacyjny
Metody praktyczne - ćwiczenia laboratoryjne
Metody problemowe - metody aktywizujące - dyskusja dydaktyczna

Metody dydaktyczne:

Metody podające - objaśnienie lub wyjaśnienie

Metody podające - wykład informacyjny

Metody praktyczne - ćwiczenia laboratoryjne

Metody problemowe - metody aktywizujące - dyskusja dydaktyczna


Bilans punktów ECTS:

Udział w wykładach - 15 godz.

Udział w ćwiczeniach - 45 godz.

Przygotowanie się do ćwiczeń - 20 godz.

Przygotowanie raportu z ćwiczeń - 10 godz.

Przygotowanie się do zaliczenia - 30 godz.

SUMA GODZIN: 120 godz.


Pełny opis:

WYKŁADY:

Praktyczne aspekty projektowania oraz wytwarzania białek o zmodyfikowanej strukturze i/lub funkcji w prokariotycznych, eukariotycznych oraz bezkomórkowych systemach ekspresyjnych. Czynniki wpływające na wydajność transkrypcji i translacji genów. Fałdowanie i agregacji białek w komórce, systemy wydzielania białek. Metody wprowadzania mutacji punktowych oraz tworzenia białek fuzyjnych. Przykłady wykorzystania białek fuzyjnych i etykietek m. in. do oczyszczania oraz detekcji białek rekombinowanych.

ĆWICZENIA:

Zastosowanie łańcuchowej reakcji polimerazy do modyfikacji białek na drodze mutagenezy ukierunkowanej. Wklonowanie zmutowanego genu do wektora ekspresyjnego. Transformacja bakterii. Hodowla bakterii E. coli w celu otrzymywania białka rekombinowanego. Oczyszczanie białka przy użyciu wybranych technik chromatograficznych.

Literatura:

Literatura podstawowa:

1. Berg J. M., Stryer L., Tymoczko J. L., Biochemia, wyd. 4, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2011

2. Sambrook J., Russell D.W., Molecular cloning: A laboratory Manual, wyd. 4, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012

3. Walkowiak B., Techniki chromatografii cieczowej. Przykłady zastosowań, Amersham Pharmacia Biotech. MORPOL, 2000

4. Kozik A., Rąpała-Kozik M., Guevara-Lora I., Analiza instrumentalna w biochemii. Wybrane problemy instrumentalnej biochemii analitycznej, Seria Wydawnicza IBM UJ, 2001

Literatura uzupełniająca:

1. Protein Electrophoresis. Technical manual, Amersham Biosciences Inc., 1999

Uwagi:

Kurs składa się z 7 (2 godz.) wykładów oraz 7 (6,5 godz) ćwiczeń. Zajęcia rozpoczynają się w II połowie semestru.

Wykłady odbywają się w czwartki w godz. 12-14 w sali P1.2.

Kurs rozpoczyna się po Świętach Wielkanocnych.

Harmonogram wykładów

Wykład nr 1

Termin: 16 kwietnia 2020

Temat: Modyfikacja genów przy użyciu PCR

Prowadzący: dr Ewelina Fic

Wykład nr 2

Termin: 23 kwietnia 2020

Temat: Modyfikacja genów przy użyciu PCR c.d.

Prowadzący: dr Ewelina Fic

Wykład nr 3

Termin: 30 kwietnia 2020

Temat: Synteza oligonukleotydów i sekwencjonowanie DNA

Prowadzący: dr Ewelina Fic

Wykład nr 4

Termin: 7 maja 2020

Temat: Czynniki mające wpływ na ekspresję białek

Prowadzący: dr Ewelina Fic

Wykład nr 5

Termin: 14 maja 2020

Temat: Produkcja białek rekombinowanych w komórkach E. coli

Prowadzący: dr Ewelina Fic

Wykład nr 6

Termin: 21 maja 2020

Temat: Produkcja białek rekombinowanych w eukariotycznych systemach ekspresyjnych

Prowadzący: dr Ewa Błasiak

Wykład nr 7

Termin: 28 maja 2020

Temat: Chromatograficzne metody oczyszczania białek rekombinowanych

Prowadzący: dr Ewelina Fic

Harmonogram ćwiczeń

Ćwiczenie nr 1

Termin: 17-22 kwietnia 2020

Temat: Wprowadzenie mutacji punktowych do genu blg b przy pomocy metody OE-PCR

Prowadzący: dr Ewa Błasiak

Ćwiczenie nr 2

Termin: 24–29 kwietnia 2020

Temat: Izolacja DNA plazmidowego metodą lizy alkalicznej. Wklonowanie zmodyfikowanego genu blg b do wektora pET DUET-1 przy użyciu enzymów restrykcyjnych. Ligacja konstruktu.

Prowadzący: dr Ewa Błasiak

Ćwiczenie nr 3

Termin: 5-8 maja 2020

Temat: Przygotowanie komórek kompetentnych E. coli. Wprowadzenie wektora do komórek – metoda szoku cieplnego oraz elektroporacja.

Prowadzący: dr Ewa Błasiak

Ćwiczenie nr 4

Termin: 12-15 maja 2020

Temat: Przygotowanie próbek do sekwencjonowanie DNA. Hodowla bakterii E. coli - produkcja białka BLG B.

Prowadzący: dr Ewa Błasiak

Ćwiczenie nr 5

Termin: 19-22 maja 2020

Temat: Sonikacja komórek bakteryjnych i oczyszczanie białka BLG B przy pomocy chromatografii jonowymiennej

Prowadzący: dr Ewelina Fic

Ćwiczenie nr 6

Termin: 26-29 maja 2020

Temat: Elektroforeza w warunkach denaturujących (SDS-PAGE) oczyszczonego białka.

Prowadzący: dr Ewelina Fic

Ćwiczenie nr 7

Termin: 2-5 czerwca 2020

Temat: Analiza poszczególnych etapów oczyszczania białka. Oczyszczanie białka BLG B c.d. – wysalanie.

Prowadzący: dr Ewelina Fic

Kurs został częściowo przygotowany ze środków pochodzących z dotacji KNOW.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.