Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Biochemia kwasów nukleinowych

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WBt-BT158 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0512) Biochemia
Nazwa przedmiotu: Biochemia kwasów nukleinowych
Jednostka: Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
Grupy: przedmioty obowiązkowe dla III roku biotechnologii
Punkty ECTS i inne: 3.00 LUB 4.00 (w zależności od programu)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/2021" (zakończony)

Okres: 2020-10-01 - 2021-01-28
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 20 godzin więcej informacji
Wykład, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Jolanta Jura, Katarzyna Miękus
Prowadzący grup: Ewelina Fic, Jolanta Jura, Agata Lichawska-Cieślar, Mateusz Wilamowski
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2021/2022" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2021-10-01 - 2022-01-28
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 20 godzin więcej informacji
Wykład, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Agata Lichawska-Cieślar
Prowadzący grup: Ewelina Fic, Judyta Górka, Oliwia Kwapisz, Agata Lichawska-Cieślar
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Ocena wliczana do średniej:

tak

Cele kształcenia:

*uzyskanie wiedzy przez studentów o białkach oddziałujących z DNA/RNA

*Zapoznanie studentów z podstawowymi metodami biologii molekularnej wykorzystującymi matryce DNA/RNA - sekwencjonowanie, formy PCR

*Przygotowanie studentów do wykonania prostych eksperymentów z wykorzystaniem DNA/RNA - analiza sekwencjonowania, reakcja PCR - analiza płci/analiza mutacji/diagnostyka molekularna

Efekty kształcenia:

Wiedza:

Student po zaliczeniu kursu:

- posiada podstawową wiedzę w zakresie biochemii

a szczególnie biochemii strukturalnej kwasów nukleinowych, przepływu informacji genetycznej (K_W06; Bch2_K_W01)

- zna najważniejsze instrumentalne metody analizy kwasów nukleinowych (K_W11; Bch2_K_W02)

- ma uporządkowaną wiedzę z zakresu genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej, niezbędną do stosowania współczesnych narzędzi biotechnologii (K_W13; Bch2_K_W05)


Umiejętności:

Student po zaliczeniu kursu:

- stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze

w zakresie: biochemii i genetyki molekularnej (K_U01; Bch2_K_U05)

- potrafi obsługiwać podstawową aparaturę rutynowo stosowaną w laboratoriach (K_U03; Bch2_K_U06)

- rozumie literaturę naukową z zakresu współczesnej biotechnologii w języku polskim; czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim (K_U05; Bch2_K_U02; Bch2_K_U03)

- potrafi przygotować i przedstawić prezentację, dotyczącą zagadnień z zakresu biotechnologii i dyscyplin pokrewnych (K_U13; Bch2_K_U11)


Kompetencje społeczne

Student po zaliczeniu kursu:

- rozumie potrzebę podnoszenia kompetencji zawodowych i aktualizowania wiedzy kierunkowej, jest świadom możliwości podejmowania studiów II

i III stopnia oraz studiów podyplomowych (K_K01; Bch2_K_K01)

- jest świadomy, że biotechnologia niesie za sobą dylematy bioetyczne i jest przygotowany na ich dostrzeganie i konieczność samodzielnego ich rozstrzygania (K_K03; Bch2_K_K07)

- wykazuje odpowiedzialność za powierzany sprzęt, oraz poszanowanie pracy własnej i innych (K_K05)

- jest odpowiedzialny za bezpieczeństwo pracy własnej i innych (K_K07; Bch2_K_K03)


Wymagania wstępne:

zalecane wcześniejsze zaliczenie kursu Biochemia i Genetyka

Forma i warunki zaliczenia:

Pozytywna ocena z egzaminu pisemnego – odpowiedź na 10 krótkich pytań. Zaliczenie wykładów - po uzyskaniu 60% pozytywnych odpowiedzi. Warunkiem przystąpienia do zaliczenia wykładów jest zaliczenie części praktycznej (zaliczenie pisemne na ostatnich zajęciach – 3 pytania związane z tematyką ćwiczeń). Zaliczenie ćwiczeń jest na ocenę - 1/10 tej oceny jest dodawana w postaci punktów do zaliczenia wykładu, np. student uzyskujący ocenę bardzo dobrą z ćwiczeń dostaje 0.5 pkt do punktacji uzyskanej za zaliczenie wykładów.

Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów:

Część praktyczna - pisemne zaliczenie - odpowiedz na 3 pytania związane z tematem ćwiczeń

Część teoretyczna - zaliczenie pisemne - odpowiedzi na 8-10 pytań z tematyki prezentowanej na wykładzie

Metody dydaktyczne:

Wykłady: Metody podające - wykład informacyjny

Cwiczenia - Metody praktyczne - ćwiczenia laboratoryjne; metody podające - prelekcja, pogadanka, metody problemowe - dyskusja dydaktyczna

Bilans punktów ECTS:

Wykłady: 10 godz.

Cwiczenia: 30 godz.

Przygotowanie do Cwiczeń; 15 godz.

Przygotowanie do pisemnego zaliczenia części praktycznej: 10h

Przygotowanie do zaliczenia części teoretycznej: 20h

razem 85 godz

ECTS 3


Wymiar, zasady i forma odbywania praktyk:


Sylabus przedmiotu dla studentów rozpoczynających studia od roku akademickiego 19/20 lub później:

Biotechnologia

Skrócony opis:

Wykłady: Struktura i własności kwasów nukleinowych; budowa chromosomów prokariotycznych i eukariotycznych; Modyfikacje na poziomie DNA i histonów oraz ich znaczenie w strukturze i aktywności DNA; Metody stosowane w badaniu interakcji białko -DNA, DNA-DNA, cDNA-RNA; Sekwencjonowanie i metody amplifikacji DNA.

Zajęcia laboratoryjne: Chemiczna synteza oligonukleotydów z użyciem automatycznego syntetyzatora DNA i metody sekwencjonowania; izolacja DNA z krwi uczestników kursu; metody diagnostyczne wybranych schorzeń oparte na technice PCR, RT-PCR; metoda analizy poziomu ekspresji i kopii genu przy użyciu reakcji Q-RT-PCR

Pełny opis:

Wykład:

Strategia sekwencjonowania genomu człowieka, struktura i właściwosci kwasów nukleinowych; struktura chromosomów prokariotycznych i eukariotycznych; modyfikacje histonów; białka HMG i ich modyfikacje, oddziaływanie kwasów nukleinowych z białkami; metody badania oddziaływania białek z DNA, reakcja PCR, PCR w czasie rzeczywistym, modyfikacje reakcji PCR (podstawowa PCR, Q-RT-PCR, TAS-PCR, NASBA-PCR; LCR-PCR); metody sekwencjonowania DNA (metoda Maxama i Gilberta, Sangera, pirosekwencjonowanie).

Zajęcia laboratoryjne:

1. Sekwencjonowanie DNA i synteza oligonukleotydów

Izolacja DNA z kropli krwi; omówienie metod sekwencjonowania oraz analiza żeli sekwencyjnych; omówienie metody syntezy oligonukleotydów; Sekwencjonowanie i analiza mutacji charakterystycznej dla ceroidolipofuscynozy neuronalnej typu 2.

2. Analiza polimorfizmu DNA

Wykonanie PCR z wykorzystaniem DNA chorego na dystrofię miotoniczną; gen DMPK - polimorfizm sekwencji mikrosatelitarnych; Wykonanie PCR z wykorzystaniem DNA uczestników kursu; gen ACE - polimorfizm insercyjno-delecyjny. Omówienie polimorfizmu punktowego, polimorfizmu sekwencji powtórzonych oraz polimorfizmu insercyjno-delecyjnego.

3. PCR w czasie rzeczywistym

Wykonanie PCR w czasie rzeczywistym z wykorzystaniem komórek stymulowanych cytokiną prozapalną oraz komórek stabilnie transfekowanych konstruktem z nadekspresją określonego genu. Omówienie stosowania PCR w czasie rzeczywistym w diagnostyce molekularnej (zmiany poziomu ekspresji pod wpływem stymulantów, poziom ekspresji w zależności od polimorfizmu genetycznego, oznaczanie GMO)

Literatura:

Literatura podstawowa:

1. Przykłady analiz DNA. Pod red. R. Słomskiego; Wyd Uniw. Przyrodniczego w Poznaniu, 2004

2. Baza danych o chorobach genetycznych – OMIM; on-line: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

3. Genetyka – ilustrowany przewodnik. E.Passarge (Tłum. T. Mazurczak); Wydawnictwo Lekarskie PZWL 2004, ISBN 83-200-2908-2

4. "Zasady Analizy Genomu" Wydawnictwa Naukowo-Techniczne, 1999,

Literatura uzupełniająca:

1. Kircher M, Kelso J., High-throughput DNA sequencing -concepts and limitations. Bioessays. 2010 Jun;32(6):524-536.

Najnowsze prace naukowe związane z danym zagadnieniem

Uwagi:

Wykłady w roku 2019: 4.10; 11.10; 18.10; 25.10; 8.11 - sala D106, piątek godz. 10:00

Ćwiczenie 1: 7-11.X; Zakład Biochemii Fizycznej; sala 2.01.11; dr Ewelina Fic

Ćwiczenie 2: 14-18.X; Zakład Biochemii Ogólnej; sala 4.04; mgr Judyta Górka

Ćwiczenie 3: 21-25.X; Zakład Biochemii Ogólnej; sala 4.04; mgr Judyta Górka

Kurs został częściowo przygotowany ze środków pochodzących z dotacji KNOW.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.