Uniwersytet Jagielloński w Krakowie - Punkt LogowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Analysis and Processing of Microscopy Images

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: WBt-BT160E Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0511) Biologia
Nazwa przedmiotu: Analysis and Processing of Microscopy Images
Jednostka: Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
Grupy: Facultative subjects for 1 year Molecular Biotechnology - summer semester 2019/2020
Facultative Subjects in English at the FBBB - summer semester 2019/2020
Przedmioty dla programu WB-159-0-ZD-6 Biofizyka molekularna i komórkowa I st.
Punkty ECTS i inne: 2.00 LUB 3.00 (w zależności od programu)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/2020" (w trakcie)

Okres: 2020-02-24 - 2020-06-14
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 25 godzin więcej informacji
Wykład, 5 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Jerzy Dobrucki
Prowadzący grup: Agnieszka Hoang-Bujnowicz, Julita Wesołowska, Mirosław Zarębski
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie
Ocena wliczana do średniej:

tak

Cele kształcenia:

(tylko po angielsku) Student possesses basic knowledge and practical skills necessary for preparing digital microscopy image for presenting in print and lectures. Student is able to apply microscopy image analysis to extract quantitative data out of single images and three dimensional and time image series.

Efekty kształcenia:

(tylko po angielsku) Knowledge:

Student knows and understands basic ideas related to digital image and its uses [BCH2K_W08, P2A_W07]


Abilities:

Student properly uses LUT table in order to obtain pseudo-color effect and enhance contrast of an image using histogram operations and gamma function [BCH2K_U01, P2A_U01],


Student operates on HSB and RGB color spaces and is able to use them during segmentation [BCH2K_U04, P2A_U05],


Student is able to prepare microscopy images of or images of gels in order to correctly present results and avoid image artifacts [BCH2K_U07, P2A_U05]


Student is able to do a binarization of an image and determine its quantitative parameters [BCH2K_U08, P2A_U06]


Social skills:

Student understands the significance of presenting non-distorted results [BCH2K_K04, P2A_K03],


Student is able to cooperate in order to achieve a given task [BCH2K_K07, P2A_K03].

Wymagania wstępne:

(tylko po angielsku) No

Forma i warunki zaliczenia:

zaliczenie z oceną

Metody sprawdzania i kryteria oceny efektów kształcenia uzyskanych przez studentów:

(tylko po angielsku) Student assessment is based on:

- ways of solving image analysis-related problems emerging during the course of laboratories

- final report consisting of solutions to all of the tasks commissioned during the course (done in groups up to two people)

- solving the problem presented during the practical examination. Student is to process given microscopy image, prepare it for presentation, and extract quantitative data out of the image.

Metody dydaktyczne - słownik:

Metody podające - prezentacja multimedialna
Metody praktyczne - ćwiczenia laboratoryjne
Metody programowane - z użyciem komputera

Metody dydaktyczne:

(tylko po angielsku) Expository methods – Power Point presentation

Practical methods – laboratory classes

Programme methods – using computer

Bilans punktów ECTS:

(tylko po angielsku) Conversatories’ attendance 5h

Classes attendance 25h

Preparing for classes 20h

Preparing for test 10h


SUM: 60h/2 ECTS

Grupa treści kształcenia:

Grupa treści kształcenia do wyboru

Sylabus przedmiotu dla studentów rozpoczynających studia od roku akademickiego 19/20:

Molecular Biotechnology

Skrócony opis: (tylko po angielsku)

Analysis and processing of microscopy images

-Information contained in images. Improving image quality and methods of analyzing digital images: noise removal, correction of nonuniform illumination, filtering in frequency domain, segmentation, etc. Applications of digital image analysis in biology and medicine

Pełny opis: (tylko po angielsku)

Lecture:

Information from recorded image, digital image parameters, types of digital images, color spaces, 3D images and time series, characteristics of microscopy digital images recorded with using CCD camera and photomultiplier

Laboratories: Operations leading to image quality enhancement and methods of analysis: noise elimination, lighting irregularities correction, filtering in frequency domain, segmentation and binarization. Automation in image analysis basics (macros). Image analysis application in biology and medicine.

Literatura: (tylko po angielsku)

Digital Image Processing (4th Ed), RC. Gonzalez, RE. Woods

Software: ImageJ http://rsb.info.nih.gov/ij

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Jagielloński w Krakowie.